鄭秀娟, 翁群清, 陳思雀, 孫新立(1.福建農(nóng)林大學(xué)作物遺傳育種與綜合利用教育部重點實驗室,.福建農(nóng)林大學(xué)作物科學(xué)學(xué)院,福建 福州 35000)
植物ASK1-D3(MAX2)-D14蛋白復(fù)合體互作區(qū)特征與演化分析
鄭秀娟1,2, 翁群清2, 陳思雀2, 孫新立1,2
(1.福建農(nóng)林大學(xué)作物遺傳育種與綜合利用教育部重點實驗室,2.福建農(nóng)林大學(xué)作物科學(xué)學(xué)院,福建 福州 350002)
ASK1-D3-D14復(fù)合體作為E3泛素連接酶的一部分,調(diào)控水稻的形態(tài)發(fā)生等生理反應(yīng).為了揭示該復(fù)合體互作區(qū)的結(jié)構(gòu)特征和演化關(guān)系,通過對不同物種中D3直系蛋白間的系統(tǒng)進化進行分析,發(fā)現(xiàn)D3基因在不同物種中表現(xiàn)出不同的演化進程;而對ASK1-D3和D3-D14互作面的序列和空間結(jié)構(gòu)分析,揭示D3直系同源蛋白質(zhì)以及已知的F-box-like結(jié)構(gòu)域間的序列同源性較低,而空間結(jié)構(gòu)相似性較高,暗示F-box-like與ASK1類蛋白質(zhì)之間的互作,空間結(jié)構(gòu)的相似性重于序列的相似性.涉及D3和D14互作面的氨基酸在直系同源蛋白序列間的同源性很高,而形成互作面疏水內(nèi)核的氨基酸保守性更高.這為D3復(fù)合體的進一步研究提供了依據(jù).
ASK1-D3-D14; 蛋白復(fù)合體; 演化; 互作
Abstract: ASK1-D3-D14 protein complex, as a part of E3 ubiquitin ligase, regulates plant morphogenesis and other physiological reactions. In order to characterize the interaction interface of the complex and reveal the evolutionary relationships of D3 orthologs, we searched and analyzed the protein sequences, and found that D3 genes showed different evolution processes among different species according to phylogenetic analysis. D3 protein contains F-box-like domain that interacts with ASK1 protein. Amino acid sequences of F-box-likes in different proteins exhibit lower similarity, but their 3D structures share high similarity, implying that the similarities of their 3D structures are more important than sequences in terms of interaction. The amino acid sequences of the interaction interfaces between D3 and D14 orthologs are more similar, especially the amino acids sequence of hydrophobic areas between D3 and D14 proteins. These findings attribute to further study of D3 protein complex.
Keywords: ASK1-D3-D14; protein complex; evolution; interaction
獨腳金內(nèi)酯是一種新型植物激素,一類特殊的萜內(nèi)酯,首先從棉花中分離鑒定出來,可促進根寄生植物獨腳金和列當(dāng)屬的種子萌發(fā)[1].獨腳金內(nèi)酯還具有化感作用,可以促進叢枝菌根菌絲產(chǎn)生分枝,增強植物和叢枝菌根的共生關(guān)系[1,2].近期,在擬南芥中發(fā)現(xiàn),獨腳金內(nèi)酯可以通過抑制腋芽的生長而抑制植物的側(cè)枝生長[3-5].D14(dwarf 14)蛋白是獨腳金內(nèi)酯的受體,與獨腳金內(nèi)酯互作,調(diào)控相關(guān)的生理反應(yīng)[6,7].其作用機制和相關(guān)蛋白在單子葉和雙子葉植物中高度保守[8-10].
擬南芥MAX2(MoreAxillaryBranches2)基因(在水稻中同源基因為D3-Dwarf3)編碼F-box蛋白,屬于獨角金內(nèi)酯信號傳導(dǎo)途徑中的核心蛋白質(zhì),調(diào)控多種生物學(xué)功能[3,4].max2突變體表現(xiàn)為植株變矮、分枝增多、種子萌發(fā)延遲、葉綠素含量降低和抗逆性減弱等[3].MAX2/D3與ASK(ArabidopsisSKP1 Homologue)蛋白直接互作,進而與Cullin蛋白等其他的蛋白質(zhì)形成SCF復(fù)合體,具有E3泛素連接酶活性,調(diào)節(jié)蛋白酶體對靶蛋白的降解[8-10].水稻中,與獨腳金內(nèi)酯結(jié)合的OsD14蛋白,與D3蛋白互作,進而調(diào)控SCF復(fù)合體(skp, cullin, F-box containing complex)對D53(dwarf 53)泛素化,調(diào)節(jié)D53蛋白降解[9].D53蛋白抑制水稻分蘗的異常增生,調(diào)控水稻的形態(tài)發(fā)生[11].擬南芥中,亦存在類似的機制[8,10].最近,獲得ASK1-D3-D14蛋白質(zhì)復(fù)合體的X-射線晶體結(jié)構(gòu),并揭示其結(jié)構(gòu)特征[12].
MAX2蛋白廣泛存在于其它的物種中,調(diào)控它們的形態(tài)發(fā)生.伴隨著二代和三代測序技術(shù)的發(fā)展,揭示了越來越多的基因組序列.這些結(jié)果為分析不同物種中MAX2直系同源基因的結(jié)構(gòu)特征,同源基因之間的關(guān)系,同源蛋白之間的序列特征,以及與ASK蛋白質(zhì)和D14蛋白之間互作特征等奠定了基礎(chǔ).基于已經(jīng)揭示的基因組序列、cDNA序列和蛋白質(zhì)三維空間結(jié)構(gòu),利用相關(guān)軟件進一步分析了MAX2/D3、ASK1和D14蛋白質(zhì)互作區(qū)的結(jié)構(gòu)特點,以及MAX2/D3直系同源基因或蛋白質(zhì)的演化關(guān)系,對D3蛋白質(zhì)復(fù)合體的深入研究有一定的指導(dǎo)意義.
以MAX2和D3蛋白質(zhì)序列作為種子,采用BlastP搜尋NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)、EMBL-EBI(http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/ncbiblast/)和PlantGDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(http://plantgdb.org/),尋找MAX2和D3的直系同源基因,分析所得蛋白質(zhì)的長度,Score值和e值.選取氨基酸長度大于600的蛋白質(zhì),直系同源基因所編碼蛋白質(zhì)的Score值和e值與非直系同源基因間存在明顯的差異.逐條檢測分析所有可能的直系同源基因所編碼的蛋白質(zhì),進而獲取相關(guān)的基因組核苷酸序列或mRNA序列,同時修正存在的注釋錯誤,共獲取141條序列.所得蛋白質(zhì)序列,采用Clustal W軟件(http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/)完成多序列比較,進而以MEGA6軟件構(gòu)建Neighbor-Joining系統(tǒng)進化樹,Bootstrap Method(1000)檢測進化樹[13].
以MEME(multiple em for motif elicitation)[14](http://meme-suite.org/tools/meme)揭示MAX2蛋白、F-box和F-box-like中的Motif.WebLogo 3 (http://weblogo.threeplusone.com/ create.cgi)展示Motif分析結(jié)果.D3、ASK1和D14蛋白質(zhì)互作的三維空間結(jié)構(gòu)參考NCBI結(jié)構(gòu)部分中D3-ASK1復(fù)合體晶體結(jié)構(gòu)(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/icn3d/ full.html?showseq=1&mmdbid=141550)和獨腳金內(nèi)酯誘導(dǎo)產(chǎn)生AtD14-D3-ASK1復(fù)合體晶體結(jié)構(gòu)(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/icn3d/full.html?showseq=1&mmdbid=141551)以及Yao et al的研究[12].
擬南芥中MAX2基因編碼含F(xiàn)-box和LRR結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì),該基因只有1個外顯子[15].擬南芥中未發(fā)現(xiàn)能夠替代MAX2的旁系同源蛋白質(zhì),與之同源性最高的蛋白質(zhì)為AT5G27920,相似度(percent identity)僅有23.7%.水稻中MAX2的直系同源基因為D3(Os06g0154200),該基因的突變同樣會造成水稻植株變矮,分蘗數(shù)增加.D3基因有5個外顯子,但僅第1個外顯子編碼蛋白質(zhì).同樣,水稻中也未發(fā)現(xiàn)與D3同源性高的蛋白質(zhì).以MAX2和D3蛋白質(zhì)序列作為種子,搜索NCBI、EMBL-EBI和PlantGDB數(shù)據(jù)庫,在61個物種中找到含有該基因的基因組序列,多數(shù)物種僅有1個MAX2直系同源基因,少數(shù)物種包含2個或多個MAX2直系同源基因.其中,57個MAX2的直系同源基因的編碼區(qū)僅有1個外顯子;7個MAX2的直系同源基因的編碼區(qū)包含2個外顯子.
同樣應(yīng)用MAX2和D3蛋白質(zhì)序列為種子,搜索NCBI、EMBL-EBI和PlantGDB數(shù)據(jù)庫,共在95個物種中找到141條蛋白質(zhì)序列.分析這95個物種,主要分布在有胚植物亞界(Embryophyta)的33個科中.在檢測的95個物種中,60個物種中僅含有1個MAX2直系同源基因,27個物種包含2個MAX2直系同源基因,5個物種包含3個MAX2直系同源基因,3個物種中包含4個.
采用這些蛋白質(zhì)序列,進行系統(tǒng)進化樹分析,將這些蛋白質(zhì)分為6組,Ⅰ組主要由單子葉植物組成,另外,還包括無油樟科(維管植物門)、松科(維管植物門)、卷柏科(維管植物門)、地錢科(地錢植物門)和葫蘆蘚科(苔蘚植物門)中的若干物種.Ⅱ組包含豆分支(fabids)、錦葵分支(malvids)和蓮科的1個物種.Ⅲ組亦包含豆分支和錦葵分支.Ⅳ組只包含豆分支.Ⅴ組只包含3個物種,2個屬于黎科和1個屬于葡萄科.Ⅵ組包含唇形分支(lamiids)和桔梗分支(campanulids)中的物種(圖1).值得注意的是,依據(jù)MAX2直系同源蛋白質(zhì)的分類結(jié)果,Ⅱ組和Ⅲ組中豆分支和錦葵分支物種混合存在,與植物常規(guī)分類結(jié)果不一致.而這2個組中很多物種包含2個或多個MAX2直系同源基因.
圖中僅標(biāo)示出相關(guān)物種所屬科以及以上分類等級.同一物種包含2個或2個以上MAX2直系同源基因,但處于不同的組,采用相同格式字體標(biāo)出.圖1 依據(jù)MAX2直系同源基因所編碼蛋白質(zhì)構(gòu)建的Neighbor-Joining系統(tǒng)進化樹Fig.1 Neighbour-joining phylogenetic tree based onprotein sequence encoded by MAX2 orthologs
同一物種內(nèi)包含多個MAX2直系同源基因,基于這些基因的同源性,可將它們分為3類,Ⅰ類重復(fù)基因存在于B.napus,十字花科(B.oleracea),茜草科(C.canephora),菊科(C.morifolium),十字花科(C.sativa),豆科(G.max),M.baccata,M.domestica,薔薇科(M.hupehensis),香蕉芭蕉科(M.acuminata),N.nucifera,O.punctata,棕櫚科(P.dactylifera),葫蘆蘚科(P.patens)和卷柏科(S.moellendorffii)物種中.重復(fù)基因之間的同源性很高,處在系統(tǒng)進化樹的相同或相近的末梢上.Ⅱ類主要存在于茄科物種(Solanaceae)中,重復(fù)基因明顯分布于2個亞群中,其同源性低于Ⅰ類基因.這些基因的重復(fù)應(yīng)該發(fā)生于茄科物種分化之前.Ⅲ類重復(fù)基因存在于這10個物種中:C.clementina,蕓香科(C.sinensis),大戟科(J.curcas),G.hirsutum,錦葵科(G.raimondii),P.euphratica,楊柳科(P.trichocarpa),醉蝶花科(T.hassleriana),錦葵科(T.cacao)和鼠李科(Z.jujuba).所包含的重復(fù)基因同源性很低,分別處在系統(tǒng)進化樹Ⅱ和Ⅲ組中,而這些卻難以用基因重復(fù)簡單的解釋.
D3/MAX2蛋白包含F(xiàn)-box-like 結(jié)構(gòu)域和LRR結(jié)構(gòu)域[15],但應(yīng)用D3/MAX2蛋白質(zhì)序列,搜尋Pfam(http://pfam.xfam.org/)、SMART(http://smart.embl-heidelberg.de/)和NCBI-BlastP,默認(rèn)閾值下,僅發(fā)現(xiàn)AMN1(主要包含LRR)或LRR結(jié)構(gòu)域.D3/ MAX2蛋白與已知F-box和F-box-like序列的同源性都較低,相比之下,與F-box-like同源性略高些.為進一步確定MAX2蛋白是否包含F(xiàn)-box-like結(jié)構(gòu)域,從NCBI數(shù)據(jù)庫下載了所有F-box-like的序列(336條)(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/ cddsrv.cgi?uid=289689)和F-box序列(98條),采用MEME[14]分析這些序列,揭示F-box-like結(jié)構(gòu)域包含4個Motif(圖2).所有已知的F-box-like序列都包含Motif1和Motif2,75.8%的序列包含Motif3,69.3%的序列包含Motif4.F-box結(jié)構(gòu)域包含2個Motif,與F-box-like的Motif1,Motif4和Motif2相似(圖2A).
A.F-box-like和F-box結(jié)構(gòu)域的保守基序.B.MAX2直系同源蛋白氨基末端保守基序以及ASK1與D3蛋白互作區(qū)的的空間結(jié)構(gòu)特征.C.ASK1與TIR1蛋白和ASK1與COI1蛋白互作區(qū)的空間結(jié)構(gòu).H:α-螺旋;β:β折疊;*:MAX2、TIR1和COI1間保守的氨基酸.圖2 F-box-like和F-box保守基序以及F-box蛋白與ASK1互作區(qū)的空間結(jié)構(gòu)特征Fig.2 Motifs of F-box-like and F-box, and 3D structure of the interaction interface between F-box protein and ASK1
MAX2和D3蛋白包含F(xiàn)-box-like的Motif1、Motif2和Motif4.Motif4在F-box-like中位于Motif1和Motif2之間(圖2),而在MAX2和D3中,Motif4位于Motif2之后,Motif1和Motif2之間代之以其他的保守序列.可見,MAX2和D3蛋白中的F-box-like有其自己的結(jié)構(gòu)特點.但是,已知的F-box和F-box-like序列的同源性并不高,且F-box之間和F-box-like之間的序列同源性也不高(圖2A).
F-box-like結(jié)構(gòu)域和SKP1(S-phase kinase-associated protein 1)同源蛋白互作,形成SCL復(fù)合體.在擬南芥中,SKP1被稱為ASK.有證據(jù)表明,水稻D3蛋白通過F-box-like結(jié)構(gòu)域和ASK1蛋白互作.但論文中沒有談到互作面2個蛋白中具體的氨基酸.擬南芥COI1(coronatine insensitive 1)和TIR1(transport inhibitor response 1)與MAX2有很高的同源性,亦與ASK1有很強的互作[16,17].論文中也未研究2個蛋白互作面中具體的氨基酸[16,18].MAX2、COI1和TIR1與人類SKP2的有一定的同源性.文中認(rèn)為SKP2包含F(xiàn)-box結(jié)構(gòu)域,但本研究進一步分析表明[18],SKP2的F-box結(jié)構(gòu)域與F-box-like同源性更高(F-box-like, Cdd:pfam12937, Bit Score: 67.52, E-value: 2.22e-14; F-box, Cdd: smart00256, Score: 45.12 E-value: 1.39e-06).SKP1和SKP2互作面中,與SKP1互作的氨基酸圍繞在F-box結(jié)構(gòu)域60氨基酸中,包含F(xiàn)-box和第1個LRR之間的序列以及第1個LRR[18].觀察AtASK1和D3的三維空間結(jié)構(gòu)(NCBI:5HYW),與ASK1互作的除F-box-like外,還可能涉及D3蛋白的β1和β2折疊以及二者之間的序列(圖2B).但分析這些互作界面的氨基酸,大部分氨基酸保守性較低(圖2B).
TIR1和COI1都能和ASK1蛋白質(zhì)互作[16,18],分析TIR1和COI1中的F-box結(jié)構(gòu)域,發(fā)現(xiàn)TIR1含F(xiàn)-box-like中Motif1和Motif2,而COI1僅含F(xiàn)-box-like中Motif2.對比分析D3、TIR1和COI1間保守氨基酸與MAX2直系同源蛋白間的保守氨基酸,二者是部分重疊的(圖2),這些保守的氨基酸可能對D3、TIR1和COI1與ASK1互作很重要.對比分析D3、TIR1和COI1與ASK1互作界面,D3、TIR1和COI1的F-box-like結(jié)構(gòu)域區(qū)段的三維空間結(jié)構(gòu)相似,但又略有差異(圖2C).推測這種三維結(jié)構(gòu)之間的相似性保證了它們都可與ASK1的互作.
D3包含19個LRR,其中LRR1、LRR3、LRR7、LRR9、LRR13和LRR15在品種之間變異較大,而LRR13變異最大.D3蛋白的LRR16、LRR17、LRR18和LRR19保守性較高.D3和D14互作,與D14互作的區(qū)段包含LRR16、LRR17、LRR18和LRR19中.D3蛋白中與D14直接互作的氨基酸都包含在這幾個LRR中(圖3a).這些氨基酸可以分為兩類,一類是直接與D14中的氨基酸形成氫鍵,另一類與D14中的氨基酸形成疏水核心[12].分析這些互作的氨基酸,有些保守性很高,例如:D3蛋白中的D606、E667、H668、R702、L644和P645等;而有些保守性卻很低,如:E602和E704(圖3b).
A.MAX2直系同源蛋白LRR16到LRR19區(qū)域的保守基序.B.AtD14和D3蛋白間直接互作的氨基酸.數(shù)字分別指示D3和AtD14蛋白中相關(guān)氨基酸的位置,紅色方點和連線標(biāo)示直接互作的氨基酸,藍色方點所示氨基酸形成互作區(qū)疏水內(nèi)核.藍色三角標(biāo)示出受GR24修飾的氨基酸.C.互作區(qū)AtD14、OsD14、AtKai2和AtDLK2氨基酸序列的比較.“*”:圖B中AtD4和圖C共有的保守性氨基酸;“.”:標(biāo)示與AtD14相同的氨基酸.圖3 D3(MAX2)與D14相互作用區(qū)域的保守基序Fig.3 Motifs of the interaction interface between D3 (MAX2) and D14
D14蛋白具有α/β水解酶活性.D14與GR24結(jié)合,水解GR24產(chǎn)生中間產(chǎn)物,修飾D14蛋白的H247,形成H247-C5H5O2,進而引起D14蛋白三維空間結(jié)構(gòu)的變化,與MAX2蛋白互作,激活信號傳導(dǎo)通路[12].以AtD14序列,搜索EMBL-EBI數(shù)據(jù)庫,從59個物種中,共獲取68條與AtD14同源性最高蛋白質(zhì)序列.分析這些序列,發(fā)現(xiàn)與D3蛋白直接互作的多數(shù)氨基酸保守性高(圖3b).
分析D3中與D14互作的低保守性氨基酸,E602和E704(圖3b),而MAX2中與之對應(yīng)的氨基酸分別為P577和G677,這2個氨基酸很難與D14中N11和E245形成氫鍵.因此,我們推測,這兩對氨基酸的互作可能并不重要,或者為松散的結(jié)合點.與形成氫鍵的互作氨基酸相比,形成互作疏水核心的氨基酸要更保守一些.位于疏水核心的邊緣L609D3和A163D14同源性略低(圖3B).
MAX2直系同源基因僅發(fā)現(xiàn)于有胚植物亞界的物種中.多數(shù)物種中僅包含一個MAX2直系同源基因,還有些物種中包含多個MAX2同源基因.含有多個MAX2直系同源基因的物種主要出現(xiàn)在雙子葉植物錦葵分支中的錦葵科、檀香科、醉蝶花科;豆分支中的薔薇科、楊柳科和大戟科;桔梗分支中的菊科;唇形分支中的茄科和茜草科;單子葉植物中的棕櫚科和香蕉芭蕉科(圖1).Ⅲ類重復(fù)基因所屬物種P.euphratica,楊柳科(P.trichocarpa),大戟科(J.curcas),鼠李科(Z.jujuba)屬于豆分支(Fabids);而C.clementina,蕓香科(C.sinensis),醉蝶花科(T.hassleriana),錦葵科(T.cacao),G.hirsutum,錦葵科(G.raimondii)屬于錦葵分支(Malvids).這些物種中兩個或多個MAX2直系同源基因分別處在兩個不同的組中.一部分重復(fù)基因與Ⅲ組中,十字花科、醉蝶花科、番木瓜科和桃金娘科中物種同源性很高;另一部分與Ⅱ組中睡蓮目(Proteales)蓮科中物種同源性很高.Ⅱ組和Ⅲ組豆分支和錦葵分支物種中混合存在,于植物分類結(jié)果不同.被子植物早期多發(fā)生過全基因組的重復(fù),物種形成的早期亦可能存在種間雜交、染色體間的融合和染色體片段的重復(fù)等[19-24],而隨后的重排和重組事件可能造就目前的分類結(jié)果.
SCF復(fù)合體可以調(diào)控泛素介導(dǎo)的蛋白質(zhì)降解過程,其中F-box蛋白決定了底物識別的特異性,而其中F-box結(jié)構(gòu)域與SKP1或SKP1同源蛋白互作.F-box-like結(jié)構(gòu)域與F-box同源性很高,很多被認(rèn)為包含F(xiàn)-box結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì),實際上和F-box-like結(jié)構(gòu)域同源性更高,例如SKP2蛋白.D3、MAX2和TIR1蛋白又與已知的F-box-like結(jié)構(gòu)略有不同,僅包含其中的2個Motif,而COI1僅含一個1個Motif.這些暗示植物中所含的F-box-like結(jié)構(gòu)域有其自身的特點.
MAX2蛋白質(zhì)和AtD14蛋白質(zhì)互作,而基于遺傳分析預(yù)測MAX2亦可以與AtKai2(Karrikin Insensitive 2)蛋白質(zhì)互作[25],比較二者的序列,它們之間的同源性很高.AtD14和AtKai2蛋白空間結(jié)構(gòu)亦很相似[26].D3和D14互作點氨基酸和形成互作面疏水內(nèi)核的氨基酸在AtD14和AtKai2之間多數(shù)相同(圖3C).擬南芥中另一個與AtD14同源性很高的蛋白質(zhì)為AtDLK2,但不清楚MAX2和AtDLK2二者之間是否存在互作.基于序列分析,它們之間高同源氨基酸與AtD14直系同源蛋白間的同源氨基酸有些重疊(圖3).而AtDLK2在互作面的保守性明顯低于AtD14和AtKai2蛋白,尤其是疏水核心部分(圖3C),這些表明,AtDLK2蛋白與MAX2蛋白之間或者沒有互作或者其互作完全不同于AtD14和MAX2.
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(責(zé)任編輯:吳顯達)
CharacterizationandevolutionanalysisoftheinteractioninterfaceofplantASK1-D3(MAX2)-D14complex
ZHENG Xiujuan1,2, WENG Qunqing2, CHEN Sique2, SUN Xinli1,2
(1.Key Laboratory of Ministry of Education for Genetics, Breeding and Multiple Utilization of Crops; 2.College of Crop Science, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, Fujian 350002, China)
S511
A
1671-5470(2017)05-0539-07
10.13323/j.cnki.j.fafu(nat.sci.).2017.05.010
2016-12-21
2017-02-21
高等學(xué)校博士學(xué)科點專項科研基金(30123515110006).
鄭秀娟(1987-),女,研究實習(xí)員,碩士研究生.研究方向:作物遺傳育種.Email:chenxizxj@126.com.通訊作者孫新立(1965-),男,教授,博士.研究方向:植物分子生物學(xué).Email:xinlisun@ hotmail.com.