豬圓環(huán)病毒3型的鑒定與遺傳特征分析

（摘譯自：X. Ku等， Transbound Emerg Dis.2017，64：703-708.）

咸 文，梁海英，曾智勇*（摘譯）

（貴州大學(xué)動(dòng)物科學(xué)學(xué)院，貴州 貴陽 550025）

豬圓環(huán)病毒3型的鑒定與遺傳特征分析

（摘譯自：X. Ku等， Transbound Emerg Dis.2017，64：703-708.）

咸 文，梁海英，曾智勇*（摘譯）

（貴州大學(xué)動(dòng)物科學(xué)學(xué)院，貴州 貴陽 550025）

薦語：近兩年來，豬圓環(huán)病毒3型（PCV3）在國(guó)內(nèi)多個(gè)學(xué)術(shù)活動(dòng)中被多次提及，然而關(guān)于PCV3的文獻(xiàn)報(bào)道卻十分有限。PCV3是在具有豬皮炎腎病綜合征和繁殖障礙的臨床樣品中鑒定出的一種新型圓環(huán)病毒。為幫助養(yǎng)豬從業(yè)者更好地了解PCV3的相關(guān)信息，特對(duì)下面這篇PCV3相關(guān)研究文獻(xiàn)進(jìn)行摘譯以饗讀者，并期待能有越來越多的相關(guān)研究來盡快揭示PCV3流行病學(xué)信息及遺傳特征。

曾智勇，男，1978年9月生，四川威遠(yuǎn)人，博士，貴州大學(xué)教授、碩士研究生導(dǎo)師、貴州大學(xué)學(xué)術(shù)骨干，貴州省科技特派員，黑龍江畜牧獸醫(yī)雜志編委。主要從事動(dòng)物傳染病及病原分子生物學(xué)相關(guān)研究，以規(guī)?；i場(chǎng)主要病毒性疫病為基礎(chǔ)，開展新型疫苗和病原快速檢測(cè)方法及試劑盒的研發(fā)。同時(shí)，長(zhǎng)期面向豬場(chǎng)開展豬病毒性疫病的抗體監(jiān)測(cè)和病原的快速檢測(cè)以及規(guī)?；i場(chǎng)疾病防控指導(dǎo)，為豬場(chǎng)提供技術(shù)支持。

主持國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目1項(xiàng)，省廳級(jí)項(xiàng)目3項(xiàng)；參研貴州省農(nóng)業(yè)科技攻關(guān)項(xiàng)目5項(xiàng)，其他各類省廳(局)級(jí)項(xiàng)目13項(xiàng)；獲“貴州省科學(xué)技術(shù)進(jìn)步獎(jiǎng)三等獎(jiǎng)”3項(xiàng)。先后發(fā)表各類學(xué)術(shù)論文180余篇，其中SCI論文3篇，一級(jí)學(xué)報(bào)論文12篇，核心期刊90余篇；參編養(yǎng)殖技術(shù)叢書3冊(cè)，參編專業(yè)類編著2冊(cè)，參編《畜牧獸醫(yī)行政管理學(xué)》（國(guó)家統(tǒng)編教材）。

豬圓環(huán)病毒（Porcine circovirus， PCV）是人類迄今為止所發(fā)現(xiàn)的最小的動(dòng)物DNA病毒，主要分為圓環(huán)病毒1型（PCV1）和圓環(huán)病毒2型（PCV2）。PCV1對(duì)豬有非致病性，PCV2是PCV相關(guān)疾病的主要致病因子，臨床上主要是引起仔豬斷奶后多系統(tǒng)衰竭綜合征（PMWS）、豬皮炎與腎病綜合征（PDNS）和繁殖障礙，對(duì)全球豬業(yè)造成重大經(jīng)濟(jì)損失。但是自2010年以后，一種新型圓環(huán)病毒的初步特征在一些研究中被先后報(bào)道。直到2016年，Palinski等將該新型圓環(huán)病毒鑒定為與豬疾病相關(guān)的病原體，并將其命名為豬圓環(huán)病毒3型（PCV3）。同年3月，中國(guó)遼寧、江西、重慶3個(gè)豬場(chǎng)共計(jì)356頭母豬，先后發(fā)生繁殖障礙導(dǎo)致新生仔豬急劇減少；3個(gè)豬場(chǎng)死胎率為5.02%～20.1%，母豬死亡率為5.4%～10.5%；應(yīng)用RT-PCR或PCR對(duì)相關(guān)樣品進(jìn)行諸如豬瘟病毒（CSFV）、豬繁殖與呼吸綜合征病毒（PRRSV）、偽狂犬病毒（PRV）、PCV2、豬流行性腹瀉病毒（PEDV）、豬傳染性胃腸炎病毒（TGEV）、輪狀病毒（RV）以及PCV3等相關(guān)病原的檢測(cè)，結(jié)果PCV3是唯一檢出病原。

為了更好地了解我國(guó)PCV3的感染狀況、流行情況、地理分布、潛在的致病性和遺傳特征，華中農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物疫病診斷中心對(duì)采自11個(gè)省市（即安徽、重慶、福建、河北、河南、湖南、江蘇、江西、遼寧、沈陽、浙江）35個(gè)豬場(chǎng)的222個(gè)樣本（死胎，組織，精液和血清），應(yīng)用引物F1：5’-TTACTTAGAGAACGGACTTGTAACG-3’，R1：5’-AAATGAGACACAGAGCTATATTCAG-3’，對(duì)經(jīng)勻漿處理后的樣本進(jìn)行了PCV3的檢測(cè)。同時(shí)還設(shè)計(jì)了兩對(duì)引物用于整個(gè)基因組測(cè)序。PCV3檢測(cè)的反應(yīng)條件如下：94 ℃預(yù)變性5 min；94 ℃變性30 s，55 ℃退火30 s，72 ℃延伸1 min，35個(gè)循環(huán)；最終72 ℃延伸10 min。經(jīng)T克隆測(cè)序獲得了9株P(guān)CV3的完整基因組序列，以及33株P(guān)CV3部分衣殼蛋白基因（474bp）序列，相關(guān)序列GenBank登錄號(hào)為KY075986.1～KY075994.1，KY075995.1～KY076027.1。應(yīng)用MEGAv6.06將獲得的9株基因組序列與圓環(huán)病毒屬的其他圓環(huán)病毒基因組進(jìn)行比較，繪制了PCV全基因組遺傳進(jìn)化樹；將GenBank中所有PCV3部分Cap蛋白基因序列進(jìn)行比較，繪制了PCV3遺傳進(jìn)化樹。

PCV3在上述調(diào)查豬場(chǎng)的總體陽性率為68.6%（24/35），PCV2和PCV3的樣品陽性率分別為62.2%（138/222）和34.7%（77/222），其樣品中PCV3與PCV2的共感染率達(dá)15.8%（35/222）。PCV2的檢出被認(rèn)為是上述豬場(chǎng)中PCV2疫苗免疫失敗的重要因素，PCV3的共感染是否在其中扮演中重要作用還需進(jìn)一步研究。樣本中PCV3的單一感染率達(dá)18.9%（42/222），在所有11個(gè)省市的樣本中，腦、肺、淋巴結(jié)、扁桃體、精液和血清中均檢測(cè)到PCV3，表明PCV3可存在于豬的不同組織中，并在中國(guó)廣泛傳播；死胎和精液樣本中檢測(cè)到的PCV3表明其存在垂直傳播的風(fēng)險(xiǎn)及引起繁殖障礙的潛在作用。

PCV3中國(guó)分離株與美國(guó)分離株（KX778720.1）的基因組和Cap蛋白核苷酸相似度分別為99.0%～99.1%和98.4%～98.9%。PCV3中國(guó)分離株的基因組和Cap蛋白核苷酸相似度分別為99.0%～100%，98.4%～100%，表明Cap蛋白的基因變異水平高于完整的基因組。在全基因組遺傳進(jìn)化樹分析中，PCV3中國(guó)分離株與美國(guó)分離株P(guān)CV3-USA-MO2015（KX778720.1）聚在同一簇。所有PCV3中國(guó)分離株的遺傳進(jìn)化樹分析表明，相關(guān)分離株存在進(jìn)化差異，可聚類為2個(gè)簇，分別3a和3b，其中美國(guó)PCV3分離株P(guān)CV3-USA-MO2015（KX778720.1）屬于簇3a。從PCV3中國(guó)分離株與中國(guó)蝙蝠冠狀病毒株基因組的序列相似性比較圖譜可知，在264～564 nt和714～1148 nt之間存在兩個(gè)重組區(qū)，表明PCV3可能是由蝙蝠冠狀病毒重組結(jié)果。

由于PCV3于2010年才被首次報(bào)道，目前對(duì)其了解甚少。直到2016年，Palinski等才將PCV3鑒定為豬病相關(guān)的病原體。盡管本文對(duì)PCV3在中國(guó)的流行狀況及遺傳特征進(jìn)行了初步報(bào)道，但仍不十分清楚，需要進(jìn)一步對(duì)PCV3進(jìn)行分離和鑒定，研究其生物學(xué)和致病特征并監(jiān)測(cè)其單一和共感染狀態(tài)。

2017-05-08）

國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目“豬圓環(huán)病毒iDNA標(biāo)記疫苗及其免疫應(yīng)答效果的研究”（項(xiàng)目批準(zhǔn)號(hào)31560688）

咸文（1992—）女，在讀碩士，研究方向：動(dòng)物傳染病病原分子生物學(xué)。E-mail:572130309@qq.com

*通訊作者： 曾智勇（1978—），男，教授，博士，碩士生導(dǎo)師，從事動(dòng)物傳染病病原分子生物學(xué)研究:E-mail：zyzeng@gzu.edu.cn