與日本有關(guān)的一些原核微生物種屬的規(guī)范和分類

萬云洋， 吉田孝， 韓淑琴

(1.中國石油大學(xué)(北京) 油氣資源與探測國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 油氣污染防治北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，北京 102249;2.北見工業(yè)大學(xué) 生物環(huán)境化學(xué)科，北海道 北見 090-8507)

與日本有關(guān)的一些原核微生物種屬的規(guī)范和分類

萬云洋1*， 吉田孝2， 韓淑琴2

(1.中國石油大學(xué)(北京) 油氣資源與探測國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 油氣污染防治北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，北京 102249;2.北見工業(yè)大學(xué) 生物環(huán)境化學(xué)科，北海道 北見 090-8507)

以地理位置和人名命名是原核微生物命名中最常見的方式之一。基于中日(東亞漢語圈)同文，從拉丁文轉(zhuǎn)譯時，錯譯和/或誤譯涉及日本和琉球的菌名是不允許的。本文初步介紹一些涉及日本和琉球地名、機(jī)構(gòu)和人名的原核微生物，提出了機(jī)構(gòu)簡寫的中文規(guī)范命名，指出日本有優(yōu)勢的領(lǐng)域如放線菌研究，從打破文化隔閡的角度，藉此加強(qiáng)中日微生物領(lǐng)域的交流與合作。

原核微生物；日本；桿菌；小桿菌；竿菌；分類學(xué)；微生物；命名；細(xì)菌；古菌

在中、日、韓三國微生物學(xué)的近現(xiàn)代發(fā)展史上，1919年定的志賀姓菌屬(Shigella)等，說明日本微生物學(xué)的發(fā)展在三國中是較早的，2015年大村智獲得諾貝爾生理學(xué)或醫(yī)學(xué)獎[1]，也說明日本在近現(xiàn)代發(fā)展微生物學(xué)中的歷史地位。正確認(rèn)識東亞，特別是日本和韓國等在近代微生物學(xué)發(fā)展中的進(jìn)展對于我國微生物學(xué)科發(fā)展有重要的借鑒意義。以地理位置命名是原核微生物命名中最常見的命名方式之一，本文以日本地名和人名命名的原核微生物種屬[2]來探討中國微生物學(xué)界對待種屬定名的考量，初步探究日本微生物學(xué)的發(fā)展和能力，增強(qiáng)兩國間的微生物學(xué)交流。

1 原核微生物中以日本地理位置命名的種屬

1.1 屬名

相比于韓國(另文待發(fā))，以日本地理位置命名的種屬不多，僅6屬7種，且多以研究機(jī)構(gòu)命名(表1)。

2008年定的日大生科菌屬(Nubsella)，已定1種，桿狀菌門鞘氨醇小桿菌綱鞘氨醇小桿菌目。楊瑞馥和陶天申等所編《細(xì)菌名稱雙解及分類詞典》(以下簡稱《詞典》)對此屬的命名是魯布斯菌屬[3]。本文建議以中國對機(jī)構(gòu)簡稱的習(xí)慣，根據(jù)其原意命名為日大生科菌屬，即對日本大學(xué)生物資源科學(xué)學(xué)院的隨機(jī)簡稱。2009年定的日應(yīng)微所菌屬(Iamia)，已定1種，放線菌門放線菌綱酸微菌目，《詞典》[3]對此屬名稱為東大桿菌屬，但這種簡稱是對原作者以東京大學(xué)二級機(jī)構(gòu)命名的曲解，本文建議命名為日應(yīng)微所菌屬，即表明來自(日本國)東京大學(xué)應(yīng)用微生物學(xué)研究所，加上“日”字表示對于國籍的一種界定，以避免未來與中國有關(guān)單位簡稱的區(qū)別。2014年定的水恒桿菌屬(Mizugakiibacter)[4]，此屬已定1種，變形菌門伽馬變形菌綱黃單胞菌目，屬名中的水恒指的是日本國山梨縣水恒湖，菌名中或可加上“湖”。

表1 以日本地理位置命名的菌屬

注：a：與日本理化學(xué)研究所有關(guān)；b：與日本國東京國立預(yù)防衛(wèi)生研究所有關(guān)；c：與日本大學(xué)生物資源科學(xué)學(xué)院有關(guān)；d：與日本國富山縣的立山市(可能是千葉縣的館山市)有關(guān)；e：與日本東京大學(xué)應(yīng)用微生物學(xué)研究所有關(guān)；f：與日本國山梨縣水恒湖有關(guān)；g：名字來自《詞典》[3]

1.2 種名

種名中，以日本為分離源的模式種不少(表2)，約29種。這些模式種也說明菌種來自日本并由日本學(xué)者制定。

表2 以日本地理位置命名的模式種

續(xù)表2

注：a：此種首次分離于1896年，1982年新合并；b：此種首次分離于1935年，1995年新合并；c：日本山梨縣；d：日本神奈川縣箱根市的大涌谷；e：日本國北海道的豐羽礦山；f：日本國巖手縣久慈市；g：日本宮城縣大崎市的鳴子火山群；h：日本國東京都的一個特別區(qū)；i：日本國長野縣；j：日本國巖手縣宮古市的一個海灘；k：日本新潟縣(或新瀉縣)；l：日本國神奈川縣片瀨川河口；m：日本鳥取縣；n：日本國山口縣都濃郡；o：日本長野縣的舊名，信濃町是長野的一個鎮(zhèn)；p：日本東京灣以南太平洋中御藏島；q：日本葉坂植物研究中心；r：日本國靜岡縣戶田市；s：日本國鹿兒島縣的舊名；t：日本國第三大湖泊佐呂間湖

從時間表上來看，日本發(fā)現(xiàn)和鑒定新種的年代與我國相差無幾，但1982年新合并的模式種日本慢生根瘤菌(Bradyrhizobiumjaponicum)最早分離于1896年，1995年新合并的模式種西宮膚果菌(Dermacoccusnishinomiyaensis)，首次于1935年分離，僅此幾種即可說明日本發(fā)展微生物學(xué)確比中國早幾十年。長野普魯蘭竿菌[5](Pullulanibacillusnaganoensis)最早分離于1990年，從日本國長野縣分離，是厚壁菌門竿菌綱竿菌目。2008年新合并的模式種都濃濱田氏菌(Hamadaeatsunoensis)分離自日本國山口縣都濃郡，首次分離于1989年，也屬于放線菌門放線菌目。

1997年定的模式種山梨小螺浮菌(Spirilliplanesyamanashiensis)、2000年定的模式種日本四球菌(Tetrasphaerajaponica)、2006年定的模式種港區(qū)傳播桿菌(Patulibacterminatonensis)、2007年定的模式種新潟孔雀石果菌(Smaragdicoccusniigatensis)、2011年定的模式種戶田鰓菌(Branchiibiushedensis)都是放線菌門。另，種屬名中不體現(xiàn)日本地理位置的也沒有在此統(tǒng)計(jì)，如1988年定的模式種河岸放線運(yùn)孢菌(Actinokineosporariparia)來自日本的阿土川等也是放線菌。《詞典》[3]把豐羽熱厭氧單胞菌(Thermanaeromonastoyohensis)稱為閃鋅礦熱厭氧單胞菌，實(shí)際上日本國北海道的豐羽礦山并不出名，譯者可能是不好譯而用其所產(chǎn)礦物名來代替。《詞典》[3]把鳴鄉(xiāng)熱脫硫化菌(Thermodesulfobiumnarugense)稱為納汝戈熱脫硫菌，也可能是因?yàn)槿毡緡鴮m城縣大崎市的鳴子火山群不太為人所知，不好譯而用該詞的某種音譯來代替?！对~典》[3]稱信濃嗜幾丁菌(Chitiniphilusshinanonensis)為長野市嗜殼質(zhì)菌，大概由于對日本地名歷史不熟，信濃是日本長野縣的舊稱，現(xiàn)在信濃町則是長野的一個鎮(zhèn)?！对~典》[3]稱御藏海草球菌(Phycisphaeramikurensis)為三倉島，但可能日本并不存在這個島。該菌種的分離源御藏島是日本東京灣以南太平洋中的一個島嶼，此種分類于浮霉菌門海草球菌綱海草球菌目。值得一提的是模式種薩摩燙土棲菌(Calditerricolasatsumensis)的薩摩，是日本國鹿兒島縣的舊名，也容易被誤譯。

菌屬名中沒有體現(xiàn)日本的，也有不少不再此文統(tǒng)計(jì)之列，比如1995年定的東方體屬(Orientia)，此屬已定1種，最早在日本的恙蟲中發(fā)現(xiàn)，1956年的金龜甲屬立克次姓體(Rickettsiellapopilliae)，金龜甲屬，即日本甲殼蟲。

1.3 以琉球地理位置命名的種屬

本文把琉球包括在內(nèi)，是根據(jù)現(xiàn)今琉球的治權(quán)。以琉球的地理位置為菌種分離源命名的模式種見表3?！对~典》[3]對2002年定的模式種伊平屋洋竿菌(Oceanobacillusiheyensis)稱為伊平屋橋，存在誤譯。伊平屋，這里指的是(原琉球國)沖繩水槽伊平屋海脊(ridge)?！对~典》[3]對2007年定的模式種阿嘉島珊珠菌(Coraliomargaritaakajimensis)稱為沖繩珊瑚株菌，這可能是不熟悉該島而擴(kuò)大化稱呼，并有一個錯別字。實(shí)際上，阿嘉島是琉球(沖繩)的一個島，在沖繩島西南約15千米，人口約330人。2009年定的模式種馬蛇濱日應(yīng)微所菌(Iamiamajanohamensis)被《詞典》[3]稱為阿嘉島岸東大桿菌。實(shí)際上馬蛇濱來自琉球阿嘉島海岸的馬蛇濱，此種屬于放線菌門酸微菌亞綱酸微菌目。不同于《詞典》[3]稱為河流水沉積桿菌，2009年定的模式種川水沉積桿菌(Ilumatobacterfluminis)，來自(原琉球國)沖繩縣的貢五十川，也屬于放線菌門酸微菌亞綱酸微菌目。2008年定的模式種石垣島玫瑰竿菌(Roseibacillusishigakijimensis)，石垣島是琉球(沖繩)的一個島，有些文獻(xiàn)把此島名寫成可能并不存在的石恒島。此菌分類于疣微菌門疣微菌綱疣微菌目。2012年定的模式種奄美鹽爬菌(Salinirepensamamiensis)，分離自位于日本九州島和琉球沖繩島之間的奄美大島，是琉球群島的北部分，分類于桿狀菌門黃小桿菌綱黃小桿菌目。另外，對于模式種種名中不含琉球地理位置的，如2007年定的模式種沉淀?xiàng)辫F單胞菌(Paraferrimonassedimenticola)，其首株模式菌株分離自(琉球)沖繩島的沉積物中，但由于并無琉球地名，不再此文統(tǒng)計(jì)之列。

上述這些種屬中，絕大部分是細(xì)菌，僅日本鹽古菌(Salarchaeumjaponicum)和大涌硫球菌(Sulfurisphaeraohwakuensis)是古菌，涉及嗜熱嗜冷的極端微生物，以及各種地理生境的微生物。

表3 以琉球地理位置命名的模式種

2 原核微生物中以日本學(xué)者姓名命名的種屬

2.1 屬名

以日本(微生物)學(xué)者命名的菌屬菌種，目前約有20屬(表4)。

1919年的志賀姓菌屬(Shigella)，再一次體現(xiàn)近現(xiàn)代日本的微生物學(xué)的發(fā)展，此屬已定4種，分類于變形菌門伽馬變形菌綱腸小桿菌目。1968年的北里氏菌屬(Kitasatoa)，已于1986年歸屬到放線菌門的鏈霉菌屬(Streptomyces)。1983年定的北里氏孢菌屬(Kitasatospora)，雖已定23種，目前分類于放線菌門放線菌目，但此屬的歸屬也存在一定的爭議。

表4 以日本人姓氏命名的菌屬

續(xù)表4

注：a：此屬大概是以日本人姓氏命名的第一屬；b：非加粗字體表示屬名已經(jīng)無效；c：多引自《詞典》[3]，關(guān)于“姓”和“氏”的用法參見萬云洋等[5]

姓氏的翻譯，無論中外，是非常困難的，因?yàn)榛旧鲜强孔x音。這也體現(xiàn)在對于表4中這些日本姓氏定名的菌屬中：柔膜菌門月單胞菌目的光岡姓菌屬(Mitsuokella)，1983年定，現(xiàn)已定3種，《詞典》[3]對此誤稱為光崗氏菌屬；放線菌門放線菌目的束村姓菌屬(Tsukamurella)，1988年定，現(xiàn)已定12種，《詞典》[3]對此誤稱為塚村氏菌屬；放線菌門放線菌目的野村氏菌屬(Nonomuraea)，1998年定，現(xiàn)已定36種，2亞種，《詞典》[3]對此稱為野野村氏，而這是對日語野々村氏的另一種寫法；變形菌門伽馬變形菌綱黃單胞菌目的志津氏菌屬(Simiduia)，2008年定，現(xiàn)已定4種，《詞典》[3]誤稱為多賀氏菌屬；變形菌門阿爾法變形菌綱玫小螺體目的雨山氏菌屬(Ameyamaea)，2010年定，現(xiàn)有1種，《詞典》[3]誤稱為實(shí)雨山氏菌屬。變形菌門阿爾法變形菌綱玫小螺體目的朝井氏菌屬(Asaia)，2000年定，現(xiàn)已定8種，《詞典》[3]對此稱為亞西亞菌屬，因?yàn)槿毡救诵帐系臐h字是唯一確定的，不像西方其他姓氏可以依靠讀音。類似的，《詞典》[3]把放線菌門放線菌目濱田氏菌屬(Hamadaea)誤稱為哈馬達(dá)氏菌屬。2002年定的淺野氏菌屬(Asanoa)、2004年定的中村姓菌屬(Nakamurella)、2007年定的梅澤氏菌屬(Umezawaea)、2010年定的富田姓菌屬(Tomitella)等屬，都分類于放線菌門放線菌目。另外，韓國學(xué)者命名了申姓菌屬(Shinella)[6]，但Shin等[7]1993年對活膠菌屬(Zoogloea)重新歸類時是以日本的研究結(jié)構(gòu)出現(xiàn)的。

2.2 種名

種名(種加名)以日本學(xué)者姓氏命名的模式種共8種，其中有2種是古菌，放線菌1種，厚壁菌門3種，變形菌門2種(表5)。

表5 以日本人姓氏命名的模式種

1996年定的模式種駒形氏明桿菌(Leucobacterkomagatae)，分類于放線菌門放線菌目。

如表5所示，《詞典》[3]對于日本人姓氏存在誤讀。1996年定的模式種大島氏嗜苦菌(Picrophilusoshimae)是一種古菌，《詞典》[3]稱之為星名氏，但在同一詞典中，對2010年定的厚壁菌門梭菌目模式種大島氏燙糞桿菌(Caldicoprobacteroshimai)卻是正確的大島氏[3]。類似的，2000年定的厚壁菌門丹毒發(fā)菌綱丹毒發(fā)菌目模式種光岡氏鏈小桿菌(Catenibacteriummitsuokai)[4]，《詞典》[3]在此稱為三岡氏，但同一詞典中，如上所述，對光岡姓菌屬(Mitsuokella)誤稱之為光崗氏。

2001年新合并的變形菌門鞘氨醇單胞菌目模式種矢野氏鞘氨醇菌(Sphingobiumyanoikuyae)，《詞典》[3]對該姓氏后未加“氏”。2002年新合并的模式種向畑氏鹵微菌[8](Halomicrobiummukohataei)，《詞典》[3]誤寫為向煙氏。該種首次分離于1997年，也是一種古菌。2008年新合并的變形菌門腸小桿菌目模式種坂崎氏克洛諾斯桿菌(Cronobactersakazakii)，《詞典》[3]誤寫為阪崎氏。該種首次分離于1980年。

從上述以日本微生物學(xué)者定名的種屬來看，百年來日本微生物學(xué)界已經(jīng)形成非常好的良性循環(huán)。在一些研究領(lǐng)域內(nèi)優(yōu)勢明顯，近半是放線菌研究，對于這些放線菌微生物中的連續(xù)研究，以大村智等對阿維菌素鏈霉菌[9-11]的工作為例，最終獲得了2015年的諾貝爾獎。

3 小 結(jié)

與韓國微生物學(xué)者喜歡以地名和人名命名微生物相比(將另文發(fā)表)，日本微生物界以此定名的并不算多，大概是由于僅僅以人名或地名定名對于描述微生物的功能特點(diǎn)是不充分的[2,4-5,8]。

日本微生物學(xué)界這種群體互生的研究態(tài)勢和積累，值得借鑒。由于拉丁文書寫存在缺陷[4-5，8]，建議中日間應(yīng)加強(qiáng)微生物學(xué)科交流，并且作為交流語言，似乎不應(yīng)當(dāng)過度倚重外文，而應(yīng)當(dāng)是中日間千百年來共享的中文。

致謝 感謝陳文新院士和趙國屏院士，特別感謝陶天申教授主動致函多次講解和指導(dǎo)，促進(jìn)我們對中外微生物學(xué)的發(fā)展有更深的理解和把握。

[1]Nobelforsamlingen. The Nobel Assembly at Karolinska Institutet has today decided to award the 2015 Nobel Prize in Physiology or Medicine with one half jointly to William C. Campbell and Satoshimura for their discoveries concerning a novel therapy against infections caused by roundworm parasitesand the other half to Youyou Tu for her discoveries concerning a novel therapy against Malaria[EB/OL].[20151220] http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2015.

[2]萬云洋.原核微生物資源和分類學(xué)詞典[M].北京：石油工業(yè)出版社,2016.

[3]楊瑞馥,陶天申,方呈祥,等.細(xì)菌名稱雙解及分類詞典[M]. 北京：化學(xué)工業(yè)出版社，2011.

[4]萬云洋, 趙國屏. 原核微生物之桿菌和小桿菌[J].微生物學(xué)通報,2016,43(6):1315-1332.

[5]萬云洋,費(fèi)佳佳,趙國屏.原核微生物之竿菌[J].微生物學(xué)雜志,2016,36(3):73-79.

[6]An DS, Im WT, Yang HC, et al.Shinellagranuligen. nov., sp. nov., and proposal of the reclassification ofZoogloearamigeraATCC 19623 asShinellazoogloeoidessp. nov.[J].Int J Syst Evol Microbiol,2006,56(Pt 2): 443-448.

[7]Shin YK, Hiraishi A, Sugiyama J. Molecular systematics of the genus Zoogloea and emendation of the genus[J]. Int J Syst Bacteriol, 1993, 43(4): 826-831.

[8]萬云洋,趙國屏.原核微生物之菌和微菌[J].微生物學(xué)雜志,2016,36(4):71-75.

[9]Takahashi Y, Matsumoto A, Seino A,et al.Streptomycesavermectiniussp. nov., an avermectin-producing strain[J].Int J Syst Evol Microbiol,2002,52(Pt 6):2163-2168.

[10]Burg RW, Miller BM, Baker EE, et al. Avermectins, new family of potent anthelmintic agents: producing organism and fermentation[J].Antimicrob Agents Chemother,1979,15(3):361-367.

[11] Ikeda H, Ishikawa J, Hanamoto A, et al. Complete genome sequence and comparative analysis of the industrial microorganismStreptomycesavermitilis[J].Nature Biotechnology,2003,21(5):526-531.

·編后語·

微生物的學(xué)名是在分類基礎(chǔ)上一個菌種的科學(xué)名稱，是國際學(xué)術(shù)界公認(rèn)并通用的正式名稱，便于交流。本文提出了與日本有關(guān)的一些原核微生物種屬的規(guī)范和分類，希望業(yè)內(nèi)專家提出建議并展開討論。

Classification and criterion for species and genera of prokaryotes related with Japan

WAN Yun-yang1, Yoshida Takashi2, HAN Shu-qin2

(1.StateKeyLaboratoryofPetroleumResourcesandProspecting,BeijingKeyLaboratoryofPetroleumPollutionandControl,CollegeofGeosciences,ChinaUniversityofPetroleum,Beijing102249;2.DepartmentofBiotechnologyandEnvironmentalChemistry,KitamiInstituteofTechnology,Hokkaido090-8507,Japan)

Formation of bacterial names from geographical and personal names is considered a common way both in generic names and specific epithets. Based on the same language between China and Japan (and among East-Asian Chinese circle), it is not permitted to mistranslate and/or misinterpret those prokaryotes names related with Japan and Ryukyu as shifted translation from Latin names. This paper preliminarily introduced some prokaryotes which have connection with Japanese and Ryukyu geographic names (toponym), institution and personal names to avoid mistranslation and misinterpretation, Chinese criteria nomenclature for institutional acronyms, and their area of advantages such as in the research field of actinomyces. From the broken of cultural barriers, this paper proposes to promote the communication and cooperation in the microbial fields between China and Japan.

prokaryotes; Japan;bacter;bacterium;bacillus; taxonomy; microorganism; nomenclature; bacteria; archaea

國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(41373086)；國家重大科技專項(xiàng)(2016ZX05050011，2016ZX05040002)；北京市青年英才計(jì)劃項(xiàng)目(YETP0670)；科技新星與領(lǐng)軍人才培養(yǎng)計(jì)劃(Z161100004916033)

萬云洋 男，博士，教授，博士生導(dǎo)師。從事微生物地質(zhì)學(xué)教研工作。Tel：010-89732230，E-mail：wanyunyang@cup.edu.cn

2016-08-07；

2016-10-06

Q939.9

A

1005-7021(2017)02-0107-06

10.3969/j.issn.1005-7021.2017.02.018

*通訊作者。