基于單中心兒童樣本庫(kù)人群全外顯子組數(shù)據(jù)的致病突變攜帶者分析

林伊鳳　王慧君　吳冰冰　楊　琳　董　辰　盧宇藍(lán)　周文浩

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·論著·

基于單中心兒童樣本庫(kù)人群全外顯子組數(shù)據(jù)的致病突變攜帶者分析

林伊鳳1王慧君2吳冰冰2楊琳2董辰2盧宇藍(lán)2周文浩3

目的通過(guò)對(duì)比公共數(shù)據(jù)庫(kù)和復(fù)旦大學(xué)附屬兒科醫(yī)院分子診斷中心(復(fù)旦兒科)樣本庫(kù)全外顯子組測(cè)序(WES)數(shù)據(jù)中已知兒童致病突變頻率差異，推測(cè)中國(guó)人群隱性遺傳致病基因攜帶者頻率分布。方法整理公共數(shù)據(jù)庫(kù)(OMIM、ClinVar、HGMD)中常染色體隱性遺傳病的致病基因和突變位點(diǎn)，計(jì)算復(fù)旦兒科樣本庫(kù)中的WES數(shù)據(jù)，基于公共數(shù)據(jù)庫(kù)的致病基因的攜帶者頻率。結(jié)果從公共數(shù)據(jù)庫(kù)分析中共得到1 368個(gè)常染色體隱性致病基因上的60 209個(gè)位點(diǎn)。在復(fù)旦兒科1 147例臨床WES樣本中，共篩出408個(gè)基因上的1 016個(gè)突變位點(diǎn)。比較復(fù)旦兒科、人類外顯子組整合數(shù)據(jù)庫(kù)(ExAC)東亞(4 312例)和歐洲人群(33 301例)突變位點(diǎn)的出現(xiàn)頻率，3個(gè)人群中均發(fā)現(xiàn)了人群特有的突變位點(diǎn)，相比ExAC歐洲人群，復(fù)旦兒科人群中的突變位點(diǎn)出現(xiàn)頻率與ExAC東亞人群更為相近。在攜帶者頻率>1%的基因中，復(fù)旦兒科和ExAC東亞人群相同的基因分別為70/81個(gè)(86.4%)和70/102個(gè)(68.6%)；復(fù)旦兒科和ExAC歐洲人群相同的基因分別為37/81個(gè)(45.7%)和37/136個(gè)(27.2%)。結(jié)論通過(guò)與ExAC東亞和歐洲人群數(shù)據(jù)進(jìn)行對(duì)比，中國(guó)人群中隱性致病基因及致病突變位點(diǎn)的攜帶者頻率與ExAC東亞人群較為相似，與歐洲人群差異較大，建立針對(duì)中國(guó)人群特異性的常見(jiàn)遺傳攜帶者突變位點(diǎn)篩查項(xiàng)目十分必要。

全外顯子組測(cè)序；遺傳?。粩y帶者；突變篩查

AbstractObjectiveBy comparing genotype frequencies among public population databases and single pediatric center, the carrier frequency of autosomal recessive disease-causing genes was acquired in Translational Medicine Center of Children′s Hospital of Fudan University (TMCCHFU). These carrier frequencies could be used as a reference to estimate the Chinese population carrier frequency, and would provide essential information for the design of Chinese-specific disease-causing gene carrier screen panel.MethodsThe disease-causing autosomal recessive genes from OMIM, and known pathogenic disease-causing mutations from ClinVar and HGMD were summarized. The carrier frequency of disease-causing genes was calculated using local population data and public population databases seperately, and then compared with each other in further studies.ResultsThe public database were filtered and 60 209 pathogenic mutations on 1 368 autosomal recessive disease-causing genes were found, and 1 016 of mutations on 408 genes were identified in 1 147 WES datasets from TMCCHFU. Compared with ExAC East Asian population (4 312 samples) and ExAC European population (33 301 samples), population-specific mutations were identified in each of the populations. Carrier frequencies in TMCCHFU showed more similarity with ExAC East Asian population than European population. Among genes with carrier frequency higher than 1%, 70 out of 81 genes (86.4%) from TMCCHFU overlapped with 70 out of 102 genes (68.6%) from ExAC East Asian population, while 37 out of 81 genes (45.7%) overlapped with 37 out of 136 genes (27.2%) from ExAC European population.ConclusionThrough comparison with ExAC East Asian and European population, carrier frequency of disease-causing genes identified in TMCCHFU is much more similar with East Asian population than European population. The difference of carrier frequency among populations should not be ignored and makes it necessary to establish a Chinese-specific panel for genetic disease screen.

雖然單個(gè)常染色體隱性遺傳病的發(fā)病率不高，但各種遺傳病的群體加和依然數(shù)量驚人，其比例可占嬰兒死亡的20%和兒童住院的10%[1]。攜帶者篩查是針對(duì)這類高危人群(如已育患兒的雙親)進(jìn)行的檢測(cè)，目的是幫助雙親了解其攜帶的患某種遺傳病的有害隱性致病基因情況。據(jù)估計(jì)，健康人群中平均每人攜帶2.8個(gè)先天性隱性遺傳病的致病基因[2]。針對(duì)發(fā)生頻率較高、具有人群特異性的遺傳突變，建立有特異性的篩查基因譜，可對(duì)攜帶者人群進(jìn)行疾病預(yù)警和早期診斷。目前，中國(guó)攜帶者篩查僅局限于特定基因的單一篩查，如耳聾[3]和脊髓性肌萎縮癥(SMA)[4,5]等。尚無(wú)基于大規(guī)模中國(guó)人群的常染色體隱性遺傳病人群攜帶頻率的數(shù)據(jù)，更未見(jiàn)采用高通量測(cè)序進(jìn)行攜帶者人群篩查的報(bào)道。對(duì)于無(wú)疾病家族史和生育記錄人群的攜帶者篩查，只能參考國(guó)外現(xiàn)有的臨床篩查項(xiàng)目。圖1顯示，對(duì)比人類外顯子組整合數(shù)據(jù)庫(kù)(ExAC)中東亞和歐洲人群，目前已知的常染色體隱性致病突變頻率在東亞和歐洲人群間具有較強(qiáng)的特異性，中國(guó)人群在上述目前已知的常染色體隱性致病突變頻率是否也具有特異性？

圖1已知致病突變的人群頻率在ExAC東亞和歐洲人群中差別

注橫坐標(biāo)軸上的點(diǎn)(縱坐標(biāo)頻率為0)表示該基因中的致病突變?cè)跉W洲人群中未檢測(cè)到；縱坐標(biāo)軸上的點(diǎn)(橫坐標(biāo)頻率為0)表示該基因中的致病突變?cè)跂|亞人群中未檢測(cè)到

1　方法

1.1研究設(shè)計(jì)整理公共數(shù)據(jù)庫(kù)[人類基因和遺傳病的知識(shí)庫(kù)(OMIM)、ClinVar、人類基因突變數(shù)據(jù)庫(kù)(HGMD)]中常染色體隱性遺傳病的致病基因和致病突變位點(diǎn)，計(jì)算復(fù)旦大學(xué)附屬兒科醫(yī)院分子診斷中心(復(fù)旦兒科)樣本庫(kù)中的全外顯子組測(cè)序(WES)數(shù)據(jù)，基于公共數(shù)據(jù)庫(kù)的致病基因的攜帶者頻率，與公共數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行對(duì)比，分析中國(guó)人群隱性遺傳病致病基因攜帶者頻率分布。

1.2已知常染色體隱性突變位點(diǎn)數(shù)據(jù)來(lái)源常染色體隱性遺傳病的致病基因注釋來(lái)源于OMIM。已知的致病突變位點(diǎn)來(lái)源于英國(guó)的HGMD(http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/index.php)和美國(guó)ClinVar數(shù)據(jù)庫(kù)(http//:www.nlm.nih.gov/clinvar)。HGMD數(shù)據(jù)庫(kù)僅選取分類為致病突變的位點(diǎn)，作為致病置信度等級(jí)最高的突變位點(diǎn)；ClinVar數(shù)據(jù)庫(kù)挑選注釋為致病性的位點(diǎn)，作為致病置信度等級(jí)中等的突變位點(diǎn)。過(guò)濾數(shù)據(jù)庫(kù)中報(bào)道的可能性較高的假陽(yáng)性位點(diǎn)(如ExAC總體數(shù)據(jù)中≥2次純合變異報(bào)道的位點(diǎn)、復(fù)雜疾病的相關(guān)位點(diǎn)等)。正常參照人群數(shù)據(jù)采用ExAC(http://biorxiv.org/content/early/2015/10/30/030338)。

1.3復(fù)旦兒科隱性突變位點(diǎn)數(shù)據(jù)來(lái)源復(fù)旦兒科樣本庫(kù)中國(guó)漢族人群行WES檢測(cè)到得的數(shù)據(jù)，所有送檢行WES的病例為臨床送檢病例，送檢時(shí)均獲得家屬知情同意。

1.4WES基因組DNA用NanoDrop紫外光分光度儀(美國(guó)Thermofisher公司)測(cè)定樣本的濃度及定量。參照SureSelct Human All Exon試劑盒說(shuō)明書(shū)，基因組DNA經(jīng)超聲打斷、末端修復(fù)、接頭連接和雜交捕獲。捕獲文庫(kù)采用Illumina HiSeq2000平臺(tái)，行WES檢測(cè)。

1.5測(cè)序數(shù)據(jù)初步分析原始圖像文件經(jīng)Illumina base calling 軟件1.7進(jìn)行圖像識(shí)別，去除污染及接頭序列處理后，Clean reads采用Burrows-Wheeler Aligner(BWA)軟件v.0.5.9-r16，以人類基因組hg19(GRCh37)為參考序列進(jìn)行比對(duì)。采用SAMtools軟件v.0.1.16，對(duì)生成的BAM文件進(jìn)行排序、合并和去除重復(fù)。生成初步分析數(shù)據(jù)，包括：reads長(zhǎng)度分析、數(shù)量及總產(chǎn)量、reads比對(duì)到參考序列的總序列在基因組中的覆蓋度與測(cè)序深度等。采用GATK軟件 v.3.2.2進(jìn)行SNV分析。排除低可信度SNPs：①測(cè)序深度<4，②一致性質(zhì)量評(píng)分<20，③鄰近區(qū)域平均拷貝數(shù)>2，④與前1個(gè)SNV距離<5 bp。

1.6復(fù)旦兒科WES樣本中突變位點(diǎn)的篩選在保證HGMD已報(bào)道位點(diǎn)的前提下，先篩除位于外顯子捕獲區(qū)域外的內(nèi)含子突變，其次篩除公共數(shù)據(jù)庫(kù)中具有較高純合頻率的位點(diǎn)。余下的位點(diǎn)用于后續(xù)的對(duì)比分析。

1.7攜帶者頻率算法設(shè)基因G上存在n個(gè)可能發(fā)生的已知致病突變位點(diǎn)，其突變發(fā)生的頻率相互獨(dú)立，分別為p1,p2...pn。

同時(shí)假設(shè)，這些突變中的任何一個(gè)都能使基因G失活，而基因G的2個(gè)等位基因同時(shí)失活導(dǎo)致疾病的發(fā)生，則：

2　結(jié)果

2.2復(fù)旦兒科WES數(shù)據(jù)中致病突變位點(diǎn)的攜帶者頻率評(píng)估復(fù)旦兒科樣本建庫(kù)以來(lái)對(duì)1 147例臨床樣本行WES，共檢出1 016個(gè)上述公共數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選后的致病突變位點(diǎn)。在復(fù)旦兒科、ExAC東亞人群(4 312例)和歐洲人群(33 301例)之間比較突變位點(diǎn)的出現(xiàn)頻率，圖2中的每個(gè)點(diǎn)代表1個(gè)突變，橫坐標(biāo)軸上點(diǎn)(縱坐標(biāo)頻率為0)分別為東亞和歐洲人群特有的致病突變位點(diǎn)，縱坐標(biāo)軸上點(diǎn)(橫坐標(biāo)頻率為0)為復(fù)旦兒科人群檢測(cè)到的特有致病突變位點(diǎn)，未處于坐標(biāo)軸上的點(diǎn)越接近對(duì)角線，則表示突變頻率在ExAC相應(yīng)人群和復(fù)旦兒科人群間越相似。對(duì)比圖2可見(jiàn)，復(fù)旦兒科人群致病突變位點(diǎn)的出現(xiàn)頻率與ExAC東亞和歐洲人群均存在差異，3個(gè)人群中均發(fā)現(xiàn)了人群特有的突變位點(diǎn)。相比于ExAC歐洲人群，復(fù)旦兒科人群中的致病突變位點(diǎn)出現(xiàn)頻率與ExAC東亞人群更為相近，符合本文對(duì)于突變位點(diǎn)人群特異性的假設(shè)。

圖2已知致病突變的人群頻率在復(fù)旦兒科人群和ExAC東亞和歐洲人群中的差別

注坐標(biāo)軸上的點(diǎn)表示該基因中的致病突變?cè)谙鄳?yīng)人群數(shù)據(jù)庫(kù)中未檢測(cè)到；由于3個(gè)人群的樣本量存在差異(復(fù)旦兒科1 147例，ExAC東亞人群4 312例，歐洲人群33 301例)，故突變頻率的最小值存在差異

2.3致病基因的攜帶者頻率評(píng)估圖3A為復(fù)旦兒科人群中攜帶者頻率>1%的基因(81個(gè))做降序排列，圖3B截取了ExAC東亞人群攜帶者頻率>1%的102個(gè)基因中的前81個(gè)基因做降序排列，圖3C截取了ExAC歐洲人群攜帶者頻率>1%的136個(gè)基因中的前81個(gè)基因做降序排列。

按照攜帶者頻率計(jì)算公式計(jì)算致病基因的攜帶者頻率，復(fù)旦兒科人群1 016個(gè)致病突變位點(diǎn)，涉及413個(gè)基因，攜帶者頻率最高的是USH2A基因，該基因在復(fù)旦兒科人群中共檢測(cè)到24個(gè)致病突變，據(jù)此估算出的基因攜帶者頻率為16.8%；9個(gè)基因的攜帶者頻率>5%，包括USH2A、PCDH15、CFTR、DYSF、NPHS1、TG、WNT10A、ABCA4和PAH，分別為Usher綜合征、囊性纖維化(CF)、肌萎縮、腎病綜合征、甲狀腺功能減低癥、外胚層發(fā)育不良、斯特格氏病和苯丙酮尿癥的致病基因。②東亞人群中攜帶者頻率>5%的有12個(gè)基因(圖3B)，依次為USH2A、CFTR、PCDH15、DYSF、SLC25A13、MYO7A、CEP290、NPHS1、ITGB3、TG、CD36和WFS1；③歐洲人群中攜帶者頻率>5%有7個(gè)基因(圖3C)，依次為CFTR、ABCA4、MYO7A、CYP21A2、RYR1、VWF和CEP290。

在攜帶者頻率>1%的基因中，復(fù)旦兒科和ExAC東亞人群相同的基因分別為70/81個(gè)(86.4%)和70/102個(gè)(68.6%)；在攜帶者頻率>1%的基因中，復(fù)旦兒科和ExAC歐洲人群相同的基因分別為37/81個(gè)(45.7%)和37/136個(gè)(27.2%)。

在攜帶者頻率>5%的基因中，復(fù)旦兒科和ExAC東亞人群相同的基因分別為6/9個(gè)(66.7%)和6/12個(gè)(50.0%)，且前4位基因(USH2A、PCDH15、CFTR、DYSF)相同，排序略有不同；在攜帶者頻率>5%的基因中，復(fù)旦兒科和ExAC歐洲人群相同的基因分別為2/9個(gè)(22.2%)和

圖3按不同人群攜帶者頻率排序的隱性遺傳致病基因(部分)

注基因分別按復(fù)旦兒科(A)、ExAC東亞人群(B)及歐洲人群(C)中的攜帶者頻率降序排列，縱坐標(biāo)為基因攜帶者頻率的自然對(duì)數(shù)值

2/7個(gè)(28.6%)。復(fù)旦兒科和ExAC歐洲人群不相同的7個(gè)基因中有5 個(gè)基因(USH2A、PCDH15、DXSF、NPHS、TG)出現(xiàn)在東亞人群。

3　討論

本研究對(duì)公共數(shù)據(jù)庫(kù)ExAC東亞、歐洲及復(fù)旦兒科的WES數(shù)據(jù)進(jìn)行攜帶者頻率分析，在復(fù)旦兒科人群發(fā)現(xiàn)了413個(gè)基因上的1 016個(gè)文獻(xiàn)報(bào)道致病突變位點(diǎn)，其中81個(gè)致病基因的人群攜帶者頻率>1%。人群間對(duì)比發(fā)現(xiàn)，攜帶者頻率存在明顯的人群差異，但復(fù)旦兒科與東亞人群的一致性遠(yuǎn)高于歐洲人群。對(duì)于頻率較高(以5%或1%為界)、具有人群篩查價(jià)值的基因而言，復(fù)旦兒科和東亞人群的基因攜帶者頻率一致性更好。以攜帶者頻率>1%的基因?yàn)槔?，在歐洲人群中攜帶者頻率>1%的基因僅有45.7%在復(fù)旦兒科人群中也>1%，而東亞人群中攜帶者頻率>1%的基因有86.4%在復(fù)旦兒科人群也>1%，這一特異性也與致病突變?cè)谌巳洪g的差異一致。

根據(jù)本文結(jié)果可以發(fā)現(xiàn)，USH2A、CFTR、PCDH15、DYSF等基因在ExAC東亞和復(fù)旦兒科人群都有著較高的攜帶者頻率。但也有一些基因在東亞人群表現(xiàn)的攜帶者頻率比復(fù)旦兒科人群高，比如MYO7A、CD36、SLC25A13、CEP290和ITGB3。頻率差別的主要原因有2種，MYO7A和CD36在ExAC東亞人群中檢出了更多的致病突變數(shù)量；SLC25A13和ITGB3在致病熱點(diǎn)上有顯著的差異；CEP290則2種原因皆有。

CFTR基因在復(fù)旦兒科、ExAC東亞或歐洲人群中都有很高的攜帶者頻率，且在東亞和歐洲人群中的攜帶率較復(fù)旦兒科人群高。該基因突變會(huì)導(dǎo)致CF，被認(rèn)為是歐美常見(jiàn)，亞洲及中國(guó)罕見(jiàn)的遺傳病。劉亭威等[6]復(fù)習(xí)文獻(xiàn)檢索到26例中國(guó)CF患者，臨床表現(xiàn)與歐美人群相似，但CFTR基因突變位點(diǎn)可能與白種人不同。有研究發(fā)現(xiàn)[7]，中國(guó)CF患者的CFTR基因突變類型與西方有很大差異。本研究中，CFTR基因在ExAC東亞和復(fù)旦兒科人群攜帶率高，但發(fā)病率低，可能是由于在歐洲人群中發(fā)現(xiàn)的致病突變?cè)趤喼奕巳褐斜憩F(xiàn)出的癥狀較輕或無(wú)癥狀。因此，單純使用歐美CFTR常見(jiàn)突變進(jìn)行篩查不能反映中國(guó)人群的CFTR基因突變攜帶情況，應(yīng)結(jié)合中國(guó)實(shí)際人群的突變攜帶位點(diǎn)設(shè)計(jì)篩查項(xiàng)目。

Usher綜合征以不同程度的視網(wǎng)膜色素變性和感音神經(jīng)性耳聾為主要表現(xiàn)，致病基因?yàn)閁SH2A、PCDH15、MYO7A等。美國(guó)的Usher綜合征發(fā)病率為(1～4)/25 000[8,9]，國(guó)內(nèi)尚無(wú)發(fā)病率數(shù)據(jù)。本研究復(fù)旦兒科人群Usher綜合征致病基因的攜帶者頻率較高，但依然與東亞人群的攜帶者頻率相一致。推測(cè)，HGMD中報(bào)道的歐洲人群的致病位點(diǎn)有可能在亞洲人群中表現(xiàn)為不致病的熱點(diǎn)突變。進(jìn)一步分析，在USH2A基因中，如c.5953G>A, c.10246T>G, c.4758+3A>G等多個(gè)突變位點(diǎn)在ExAC東亞人群(約4 000人)中出現(xiàn)10～140次，而在歐洲人群(約30 000人)中出現(xiàn)均<10次，同時(shí)這些位點(diǎn)在千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫(kù)中的亞洲人群的頻率在1%左右，而歐洲人群的頻率卻為0，說(shuō)明存在具有很強(qiáng)人群特異性的致病突變位點(diǎn)。參考以往研究發(fā)現(xiàn)中國(guó)人群與歐美人群USH2A基因致病的突變譜有著很大的差異[10]，證明Usher綜合征相關(guān)基因突變位點(diǎn)的致病性可能存在人群特異性，說(shuō)明現(xiàn)有文獻(xiàn)報(bào)道的致病突變?cè)趹?yīng)用于其他人群時(shí)，突變位點(diǎn)的致病性還有待商榷。這也可以解釋Usher綜合征在ExAC東亞和復(fù)旦兒科人群均出現(xiàn)的致病基因攜帶者頻率高，但發(fā)病率低的情況。

除此之外，本研究呈現(xiàn)的大部分內(nèi)容能夠很好的反映臨床情況。如TG基因突變導(dǎo)致的先天性甲狀腺功能減低癥在中國(guó)的發(fā)病率為49.2/100 000[11]，而該病在歐美人群的發(fā)病率為28/100 000[12]，本研究結(jié)果也同樣顯示復(fù)旦兒科人群的TG突變頻率高于歐洲人群。亞洲人高發(fā)的Citrin缺乏病的致病基因SLC25A13，在東亞和復(fù)旦兒科人群的攜帶者頻率遠(yuǎn)高于歐洲人群。這與該病主要在東亞地區(qū)分布[13]，在中國(guó)遺傳代謝疾病譜中排第2位的情況也相符合[14]。而與線粒體DNA質(zhì)量相關(guān)的POLG基因突變，會(huì)導(dǎo)致Alpers-Huttenlocher綜合征、遺傳性進(jìn)行性眼外肌麻痹等一系列疾病，則表現(xiàn)為歐美人群發(fā)病率高于亞洲人群，這與本研究的歐洲人群攜帶者頻率高于東亞及復(fù)旦兒科人群也是相一致的。再如PCCA基因突變會(huì)導(dǎo)致丙酸血癥，本研究結(jié)果中該基因的攜帶者頻率在復(fù)旦兒科和東亞人群中約為3%，而歐洲人群中則<1%。既往并未報(bào)道丙酸血癥的發(fā)病率有明顯的人群差異，但丙酸血癥的致病基因除了PCCA外還有PCCB，結(jié)果發(fā)現(xiàn)PCCB基因的攜帶者頻率在歐洲人群中約為2%，而東亞和復(fù)旦兒科人群中則<1%。該數(shù)據(jù)體現(xiàn)了丙酸血癥在人群致病基因的特異性。

雖然復(fù)旦兒科人群攜帶者頻率與ExAC東亞人群較為吻合，但是由于本研究的研究對(duì)象是臨床送檢的樣本，并非健康的人群，仍存在樣本選擇的偏倚，可能導(dǎo)致與中國(guó)人群實(shí)際頻率存在偏差。如IL10-RA基因在復(fù)旦兒科的攜帶者頻率較東亞人群及歐洲人群均高出許多，原因在于復(fù)旦兒科的樣本中有1例先天性免疫缺陷的患兒，由于IL10-RA基因隱性突變所致，而該患兒的2個(gè)隱性突變分別來(lái)自其雙親，所以該家系使得在本研究中IL10-RA基因的攜帶者頻率顯著增高。除此之外，本研究?jī)H針對(duì)常染色體隱性遺傳疾病致病基因中點(diǎn)突變的形式進(jìn)行攜帶者頻率計(jì)算，并不包括基因的大片段缺失的攜帶者頻率。所以本研究中的攜帶者頻率較高的基因并沒(méi)有包含某些發(fā)病率高、因大片段缺失或者拷貝數(shù)變異導(dǎo)致的疾病，如地中海貧血[15]和SMA[5]。

攜帶者篩查能有效降低常染色體隱性疾病的發(fā)病率。在以色列針對(duì)CF的人群攜帶者篩查已經(jīng)取得成效，一項(xiàng)回顧性研究顯示，CF發(fā)病率已經(jīng)從1990年的14.5/10萬(wàn)降至2011年的6/10萬(wàn)[16]。中國(guó)僅對(duì)于嚴(yán)重的常染色體隱性遺傳病，如地中海貧血、X連鎖腎上腺腦白質(zhì)營(yíng)養(yǎng)不良、SMA等開(kāi)展了單個(gè)疾病的攜帶者篩查，對(duì)于其他常見(jiàn)遺傳攜帶者突變位點(diǎn)，仍需建立新的攜帶者篩查項(xiàng)目，以明確中國(guó)人群致病突變的攜帶率。當(dāng)然，不是所有的隱性遺傳性疾病都適合進(jìn)行篩查和產(chǎn)前診斷，對(duì)于一些外顯不全的致病基因，或臨床危害不嚴(yán)重的疾病如色盲，則并不建議進(jìn)行遺傳篩查和家庭遺傳咨詢[17]。目前，高通量測(cè)序成本的降低，使大規(guī)模的遺傳篩查成為可能[18,19]。而隨著生殖技術(shù)的發(fā)展，基因測(cè)序在臨床的應(yīng)用，除了熟知的無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前檢測(cè)外，還有胚胎植入前遺傳學(xué)檢測(cè)技術(shù)。這些技術(shù)的應(yīng)用，真正使基因檢測(cè)的結(jié)果服務(wù)于臨床，使患者家庭受益，也推動(dòng)了基因篩查的普及和應(yīng)用。

本研究通過(guò)大規(guī)模對(duì)比文獻(xiàn)報(bào)道的致病突變位點(diǎn)在不同人群間的頻率差異，明確了致病突變位點(diǎn)在不同人群中具有很大的差異性。在此基礎(chǔ)上計(jì)算的致病基因攜帶者頻率，也表現(xiàn)出人群特征。因此，若要建立中國(guó)人群常見(jiàn)遺傳攜帶者突變位點(diǎn)篩查項(xiàng)目，有必要針對(duì)致病突變的人群差異對(duì)篩選內(nèi)容做出調(diào)整，通過(guò)參考中國(guó)人群的致病突變頻率設(shè)計(jì)高通量的基因篩查方案，為包括有生育需求的成年人、已計(jì)劃懷孕的夫婦，尤其是對(duì)已生育患兒的家庭再計(jì)劃懷孕的高危人群提供攜帶者篩查，或是為家庭遺傳咨詢提供依據(jù)。

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(本文編輯：張崇凡)

Carrier analysis of known disease-causing genes based on WES data from single Shanghai pediatric center

LINYi-feng1,WANGHui-jun2,WUBing-bing2,YANGLin2,DONGChen2,LUYu-lan2,ZHOUWen-hao3

(1InstituteofPediatrics, 2MolecularDiagnosticCenter, 3DepartmentofNeonatology,Children′sHospitalofFudanUniversity,Shanghai201102,China)

LU Yu-lan，E-mail:yulanlu@fudan.edu.cn

Whole exome sequencing;Genetic disease;Carrier;Mutation screening

2016上海市青年科技英才揚(yáng)帆計(jì)劃:16YF1401000; 2016上海自然科學(xué)基金探索類項(xiàng)目:16ZR1446500

復(fù)旦大學(xué)附屬兒科醫(yī)院1 兒科研究所，2 分子診斷中心，3 新生兒科上海，201102

盧宇藍(lán)，E-mail:yulanlu@fudan.edu.cn

10.3969/j.issn.1673-5501.2016.03.009

2016-02-23

2016-06-08)