中國生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)服務(wù)系統(tǒng)（SinoMed）安裝更新與維護的實踐研究

史艷莉，劉愛中，王 靜，鄭 萍，唐春霞

中國生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)服務(wù)系統(tǒng)（SinoMed）安裝更新與維護的實踐研究

史艷莉，劉愛中，王 靜，鄭 萍，唐春霞

介紹了服務(wù)器重新安裝更新與維護中國生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)服務(wù)系統(tǒng)（SinoMed）的必要性，從SinoMed對軟硬件需求、數(shù)據(jù)庫平臺安裝、檢索平臺安裝、系統(tǒng)數(shù)據(jù)的導(dǎo)入更新、系統(tǒng)啟動及維護及SinoMed的應(yīng)用等方面進行了具體的闡述，最后指出了SinoMed的安裝更新與維護能更好地服務(wù)于用戶，提高用戶的使用率、檢索率。

中國生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)服務(wù)系統(tǒng)（SinoMed）；系統(tǒng)安裝；數(shù)據(jù)更新；數(shù)據(jù)庫維護

0 引言

中國生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)服務(wù)系統(tǒng)（SinoMed）在全面涵蓋中國生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫（CBM）的基礎(chǔ)上，新增了西文生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫（WBM）、日文生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫、俄文生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫、英文會議文摘數(shù)據(jù)庫、北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院博碩學(xué)位論文庫等多種資源，學(xué)科范圍廣泛，年代跨度大。該文獻(xiàn)服務(wù)系統(tǒng)是由中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院醫(yī)學(xué)信息研究所/圖書館開發(fā)研制的，涵蓋資源豐富，能全面、快速反映國內(nèi)外生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域研究的新進展；功能強大，是集檢索、開放獲取、個性化定題服務(wù)、全文傳遞服務(wù)于一體的生物醫(yī)學(xué)中外文整合文獻(xiàn)服務(wù)系統(tǒng)[1]。

SinoMed是基于Java技術(shù)開發(fā)的，易于維護和移植，使用了J2EE框架，具有良好的拓展性和穩(wěn)定性[2]。用戶通過B/S方式應(yīng)用和管理平臺。該平臺內(nèi)容包括：數(shù)據(jù)庫、關(guān)系數(shù)據(jù)庫、管理平臺、檢索平臺。其中，SinoMed使用了國內(nèi)知名的數(shù)據(jù)庫作為后臺檢索服務(wù)的支撐平臺[3]，實現(xiàn)了全文、模糊、精確等各類型檢索以及相應(yīng)的結(jié)果聚類等，展示了最新的檢索技術(shù)；SinoMed使用MS SQL SERVER 2K/2005作為后臺關(guān)系數(shù)據(jù)庫支撐，存儲平臺的用戶、檢索配置、訪問統(tǒng)計內(nèi)容等；管理平臺主要用于平臺的各種配置管理；檢索平臺為用戶提供檢索、瀏覽等功能，鏡像版的檢索功能完全集成了網(wǎng)絡(luò)版SinoMed的功能，并且拓展了鏡像版的新功能[4]。

我院是中國生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)服務(wù)系統(tǒng)的長期用戶，由原來的CBMdisc數(shù)據(jù)庫鏡像版和網(wǎng)絡(luò)版發(fā)展升級到現(xiàn)在的SinoMed文獻(xiàn)服務(wù)系統(tǒng)，包括鏡像版和中心版。鏡像版即CBM題錄版或題錄文摘版，其用戶僅限于獨立法人IP范圍內(nèi)使用，并發(fā)用戶數(shù)為50個[5]。中心版包括CBM題錄版、CBM題錄+引文版、WBM題錄版，其用戶登錄方式是通過IP綁定，限并發(fā)用戶50個，都是通過用戶名密碼登錄方式。Sino-Med文獻(xiàn)服務(wù)改版升級后，我院續(xù)訂了SinoMed服務(wù)系統(tǒng)鏡像版數(shù)據(jù)庫，原服務(wù)器安裝的CBMdisc數(shù)據(jù)庫鏡像版已不能適應(yīng)現(xiàn)有的數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)，因此，服務(wù)器必須重新安裝SinoMed文獻(xiàn)服務(wù)系統(tǒng)。

1 SinoMed服務(wù)系統(tǒng)對軟硬件需求

Sinomed服務(wù)系統(tǒng)對硬件的要求：服務(wù)器硬件最低配置內(nèi)存為1 GB以上，CPU為雙核或四核，存儲空間150 GB以上；對軟件的要求：操作系統(tǒng)為Windows 2K Server，Windows 2003 Server，WindowsXP，32位或64位，IE7.0以上版本，建議使用Windows 2003 Server；數(shù)據(jù)庫的要求：MS SQL SERVER 2K/2005，需升級至SP3或SP4補丁。

2 SinoMed數(shù)據(jù)庫平臺的安裝過程

Sinomed服務(wù)系統(tǒng)安裝時，在Sino目錄下有3個文件夾：（1）DB_IMPOT數(shù)據(jù)導(dǎo)入工具；（2）SEARCHDB數(shù)據(jù)庫平臺安裝文件；（3）SinoMed檢索平臺安裝文件。首先，進入數(shù)據(jù)庫平臺，打開DOS窗口，跳轉(zhuǎn)到數(shù)據(jù)庫平臺安裝文件。例如：數(shù)據(jù)庫安裝文件路徑為E：SINOSEARCHDB，則在DOS窗口中輸入盤符的命令提示符后按回車鍵，然后，輸入“CD SINOSEARCHDB”回車后進入sino目錄，再輸入命令詞tdbinstall后回車（如圖1所示）。其次，設(shè)置數(shù)據(jù)庫平臺安裝路徑，系統(tǒng)提示“Input a target dir for TRS Server（e.g.:d: rshome）:”，即詢問數(shù)據(jù)庫的安裝路徑，輸入數(shù)據(jù)庫安裝路徑（如e: rshome）后按回車鍵，系統(tǒng)開始執(zhí)行安裝程序。第三，設(shè)置數(shù)據(jù)傳輸端口。安裝過程出現(xiàn)系統(tǒng)提示“Input port number（8888）:”即輸入數(shù)據(jù)傳輸端口號。特別注意：要選擇未被系統(tǒng)占用的端口，輸入后回車（如圖2所示）。第四，選擇數(shù)據(jù)庫平臺啟動模式。推薦使用自啟動模式，即輸入“1”之后回車。最后，數(shù)據(jù)庫平臺安裝完成。系統(tǒng)提示“Installation is completed”，便重啟服務(wù)器。

圖1 安裝時輸入命令詞tdbinstall

圖2 輸入數(shù)據(jù)傳輸端口號

SinoMed檢索平臺安裝特別說明：（1）本地已經(jīng)正確安裝了關(guān)系型數(shù)據(jù)庫MS SQL SERVER 2K/ 2005，且升級至SP3或者SP4補丁。（2）MS SQL SERVER安裝時模式為混合認(rèn)證登錄模式。（3）本地SQL SERVER已經(jīng)啟動。（4）SinoMed系統(tǒng)在安裝時會自動安裝My SQL數(shù)據(jù)庫，請在安裝前確認(rèn)本地是否已經(jīng)安裝了一個My SQL數(shù)據(jù)庫，如果已經(jīng)存在MySQL數(shù)據(jù)庫，請修改已存在的MySQL數(shù)據(jù)庫端口號。（5）測試本地是否占用了http的常用服務(wù)端口80[6]。

3 SinoMed檢索平臺安裝步驟

具體操作步驟如下：

第一步，雙擊打開SINOSINOMEDSinoMed.exe（如圖3所示）。選擇中文簡體，點擊“OK”按鈕。

第二步，安裝程序介紹（如圖4所示）。

圖3 安裝SinoMed程序界面

圖4 運行SinoMed程序界面

第三步，點擊“下一步”按鈕，進入許可協(xié)議聲明界面，點擊“本人接受許可協(xié)議條款”，進入證書碼輸入界面，通過電話和郵件獲得證書碼并將其錄入后，點擊“下一步”按鈕，選擇安裝路徑（已有的或是新創(chuàng)建的）。

第四步，數(shù)據(jù)庫SQL Server連接。系統(tǒng)默認(rèn)SQL Server數(shù)據(jù)庫為SINOMEDDB（如圖5所示）。

圖5 SinoMed與數(shù)據(jù)庫連接

第五步，SinoMed數(shù)據(jù)庫連接。輸入SinoMed數(shù)據(jù)庫平臺的主機地址、端口號及相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫平臺安裝路徑，點擊“下一步”按鈕。如果出現(xiàn)提示“不能連接數(shù)據(jù)庫平臺”，請確認(rèn)數(shù)據(jù)庫平臺IP地址、端口號及安裝路徑是否正確，或者數(shù)據(jù)庫平臺是否已經(jīng)啟動（如圖6所示）。啟動圖標(biāo)位置選擇及查看安裝摘要（如圖7所示）。

最后，點擊“安裝”。進入系統(tǒng)安裝直到安裝完成（如圖8所示）。

當(dāng)SinoMed系統(tǒng)安裝成功時，在服務(wù)器桌面上就顯示“啟動中國生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)服務(wù)系統(tǒng)”和“關(guān)閉中國生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)服務(wù)系統(tǒng)”2個圖標(biāo)。

圖6 SinoMed與數(shù)據(jù)庫設(shè)置

圖7 安裝程序需求說明

圖8 完成SinoMed數(shù)據(jù)庫安裝

4 SinoMed系統(tǒng)數(shù)據(jù)的導(dǎo)入、更新及系統(tǒng)啟動

4.1 數(shù)據(jù)的導(dǎo)入

SinoMed服務(wù)系統(tǒng)目錄下DB_IMPOT文件經(jīng)數(shù)據(jù)解壓，且將所有解壓數(shù)據(jù)存放在同一路徑下，解壓后的數(shù)據(jù)文件名稱不允許修改。數(shù)據(jù)導(dǎo)入：打開SINODB_IMPORT文件夾，雙擊import.bat，出現(xiàn)DOS界面（如圖9所示）。

圖9 數(shù)據(jù)導(dǎo)入界面

顯示SinoMed數(shù)據(jù)導(dǎo)入工具，并請輸入數(shù)據(jù)庫平臺的執(zhí)行端口號（如8888或8080）后按“回車”鍵顯示輸入數(shù)據(jù)路徑，即備份文件路徑，也是輸入解壓縮后“.bak”文件的位置（注意文件導(dǎo)入順序），如G：datacbm1.bak，按“回車”鍵，執(zhí)行數(shù)據(jù)導(dǎo)入。由于系統(tǒng)數(shù)據(jù)量巨大，系統(tǒng)導(dǎo)入過程執(zhí)行時間較長，請不要關(guān)閉導(dǎo)入窗口（如圖10所示）。

圖10 選擇導(dǎo)入數(shù)據(jù)

當(dāng)數(shù)據(jù)導(dǎo)入完成后，顯示共導(dǎo)入多少個數(shù)據(jù)庫，當(dāng)前處于完成狀態(tài)，按任意鍵退出數(shù)據(jù)導(dǎo)入界面，返回到服務(wù)器桌面，此時的數(shù)據(jù)導(dǎo)入工作完成。

4.2 數(shù)據(jù)更新

將更新文件夾“update_20140102”和“更新程序（2014.0102）”拷入服務(wù)器本地硬盤分區(qū)中，所在路徑不能包含中文路徑符。打開“更新程序（2014.0102）”文件夾，雙擊“更新程序.bat”，出現(xiàn)DOS界面，輸入數(shù)據(jù)庫平臺端口號后按“回車”鍵。命令提示輸入winrar壓縮軟件的安裝路徑，如C：Program Files WinRAR，“回車”后命令提示輸入2014年1月至2月更新數(shù)據(jù)文件夾路徑，如f：update_20140102。程序開始自動執(zhí)行，數(shù)據(jù)導(dǎo)入過程顯示返回值為“0”則正常，反之則出現(xiàn)問題，需予以解決[7]。在數(shù)據(jù)更新過程中請勿終止此DOS窗口（如圖11所示），直到DOS提示信息顯示數(shù)據(jù)更新程序執(zhí)行完畢，按任意鍵退出更新程序。

圖11 數(shù)據(jù)更新過程

更新過程與數(shù)據(jù)導(dǎo)入相似，但又有不同之處，即導(dǎo)入新的數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)，覆蓋刪除老的數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)或相同數(shù)據(jù)，并說明更新文件的記錄數(shù)和所用時間。

4.3 SinoMed系統(tǒng)啟動

SinoMed文獻(xiàn)服務(wù)系統(tǒng)啟動，雙擊服務(wù)器桌面生成的“啟動圖標(biāo)”，出現(xiàn)“啟動中國生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)服務(wù)系統(tǒng)”的DOS界面，直到顯示如圖12所示信息時，表示SinoMed數(shù)據(jù)庫連接成功。特別說明，此窗口在運行SinoMed系統(tǒng)時不能關(guān)閉。打開瀏覽器窗口，輸入SinoMed的登錄網(wǎng)址“http：//本機IP：端口號”，即可進入SinoMed主頁。

圖12 SinoMed文獻(xiàn)服務(wù)系統(tǒng)啟動

5 SinoMed系統(tǒng)維護

當(dāng)系統(tǒng)安裝及啟動時，出現(xiàn)端口號錯誤提示時，首先要確定MYSQL端口號與系統(tǒng)端口號是否沖突，如果沖突，則要修改MYSQL端口號，具體修改方法為：進入系統(tǒng)盤符的WINDOWS文件夾，找到my.ini文件，修改port=3306中的端口號；當(dāng)系統(tǒng)端口被占用時，維護檢測端口，如檢測80端口是否被占用，選擇開始菜單，點擊開始—運行—輸入“cmd”后回車，在DOS界面輸入“telnet 127.0.0.1 80”后回車，顯示“正在連接到127.0.0.1...不能打開到主機的連接，在端口80：連接失敗”，則表示80端口未被占用，如果顯示黑屏，表示80端口正在被系統(tǒng)占用[7]。修改SinoMed端口號找到SinoMed的系統(tǒng)安裝路徑（如E:SinoMed），打開E:SinoMed omcatconf中的server.xml文件，找到第71行port="80"的位置，修改為所需端口號。

6 SinoMed系統(tǒng)應(yīng)用

SinoMed文獻(xiàn)服務(wù)系統(tǒng)啟動并進入檢索界面，現(xiàn)就系統(tǒng)應(yīng)用情況作以舉例說明。首先針對所要檢索的題目“改良式腓腸神經(jīng)滋養(yǎng)血管皮瓣修復(fù)足踝部小腿損傷研究”，確定檢索詞，在檢索入口錄入檢索詞：“改良”、“腓腸神經(jīng)”、“皮瓣”、“足踝部”等，并逐項進行檢索[8]，將顯示帶有序號的檢索結(jié)果。點擊進入檢索歷史（如圖13所示），對檢索表達(dá)式進行組配，如：改良AND腓腸神經(jīng)AND皮瓣AND（足損傷OR小腿損傷）,也可以使用序號運用邏輯符號AND、OR、NOT進行組配，如：#1 and#2 and#3 and（#4 or #5），檢出結(jié)果與主題密切相關(guān)或相同的文獻(xiàn)（如圖14所示）。

7 結(jié)語

SinoMed文獻(xiàn)服務(wù)系統(tǒng)將Java語言作為實現(xiàn)腳本，運用J2EE框架技術(shù)的拓展性和穩(wěn)定性，通過B/S方式應(yīng)用和管理平臺，實現(xiàn)了數(shù)據(jù)采集—存儲—發(fā)布—檢索的整套流程[9]，而且數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)內(nèi)容更加豐富、準(zhǔn)確，給用戶帶來了全新的檢索界面，能更好地服務(wù)于用戶[10]，提高用戶的使用率、檢索率。

圖13 檢索歷史界面

圖14 檢索結(jié)果界面

[1]中國生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)服務(wù)系統(tǒng)[EB/OL].[2014-04-10].http：//www. sinomed.ac.cn/help/index.html.

[2]夏光輝，李軍蓮，錢慶.基于Mashup的SinoMed西文生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫功能拓展實現(xiàn)[J].醫(yī)學(xué)信息學(xué)雜志，2010，31（11）：34-37.

[3]孫海霞，李軍蓮，李丹亞，等.文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫知識構(gòu)建體系設(shè)計與實踐——以SinoMed為例[J].圖書情報工作，2013，57（20）：111-115.

[4]代濤，錢慶，胡鐵軍，等.“一站式”醫(yī)學(xué)信息服務(wù)平臺建設(shè)的理論與實踐[J].醫(yī)學(xué)信息學(xué)雜志，2009，31（1）：1-8，19.

[5]馬豪，張寧，張明.SinoMed鏡像版使用常見問題解析[J].醫(yī)學(xué)信息學(xué)雜志，2012，33（8）：34-37.

[6]中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院醫(yī)學(xué)信息研究所.中國生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)服務(wù)系統(tǒng)（SinoMed）安裝手冊[M].北京：中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院醫(yī)學(xué)信息研究所，2009：1-19.

[7]陳萬福，羅臻，張穎，等.中國生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)服務(wù)系統(tǒng)（SinoMed）功能缺陷分析[J].中華醫(yī)學(xué)圖書情報雜志，2011，20（11）：55-58，62.

[8]劉妮波.醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)分類工具網(wǎng)絡(luò)化研究[D].北京：北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院，2012.

[9]北京拓爾思信息技術(shù)股份有限公司.中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院醫(yī)學(xué)信息研究所：新型數(shù)字圖書館發(fā)展模式[EB/OL].[2011-05-27].http：// www.trs.com.cn/soluase/case/case-zhongguoyixiuekexueyuan.html.

[10]錢慶，李軍蓮，李丹亞，等.面向用戶的自建信息資源整合平臺建設(shè)[J].醫(yī)學(xué)信息學(xué)雜志，2009，30（1）：9-13，19.

（收稿：2014-04-11 修回：2014-07-20）

Installation,update and maintenance of Chinese Bio-Medical Literature Service System

SHI Yan-li1,LIU Ai-zhong1,WANG Jing2,ZHENG Ping1,TANG Chun-Xia1
（1.Department of Information,Urumqi General Hospital of Lanzhou Military Area Command,Urumqi 830000,China; 2.Department of Pediatric Surgery,Children's Hospital of Urumqi,Urumqi 830002,China）

The necessity for installing and maintaining Chinese Bio-Medical Literature Service System (SinoMed)is introduced in the server,which is discussed from the hardware and software requirements,database installation,inquiry platform installation,introduction and update of system data,system startup and maintenance and application.Installation, update and maintenance of SinoMed may enhance the satisfaction of the user.[Chinese Medical Equipment Journal，2015，36（1）：120-123]

SinoMed;system installation;data update;database maintenance

R318；R-05；TP311.13

A

1003-8868（2015）01-0120-04

10.7687/J.ISSN1003-8868.2015.01.120

史艷莉（1976—），女，高級工程師，主要從事文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫設(shè)計、應(yīng)用與維護方面的研究工作，E-mail：shiyanli_1228@163.com。

830000烏魯木齊，蘭州軍區(qū)烏魯木齊總醫(yī)院信息科（史艷莉，劉愛中，鄭 萍，唐春霞）；830002烏魯木齊，烏魯木齊兒童醫(yī)院兒外科（王靜）