MPI技術(shù)在膠州灣水質(zhì)預(yù)報(bào)系統(tǒng)的應(yīng)用研究

杜 巍，牛 沛，黃偉建

（河北工程大學(xué) 信息與電氣工程學(xué)院，河北 邯鄲056038）

0 引 言

目前的水質(zhì)預(yù)報(bào)系統(tǒng)多來(lái)自于海洋研究模型。由于這些模式大部分是串行代碼編寫(xiě)，在業(yè)務(wù)化應(yīng)用過(guò)程中，計(jì)算效率較低，具有一定的局限性。尤其是短期預(yù)報(bào)系統(tǒng)，力爭(zhēng)在短的時(shí)間內(nèi)完成運(yùn)算任務(wù)是其基本需求。本文以膠州灣水質(zhì)預(yù)報(bào)系統(tǒng)為例，將MPI并行技術(shù)應(yīng)用于水質(zhì)模型，并且分別采用組通信模式和非阻塞通信模式，將水質(zhì)模塊的問(wèn)題分解為多個(gè)子任務(wù)，并在基于MPI消息傳遞模式的集群系統(tǒng)中進(jìn)行運(yùn)算。

1 程序設(shè)計(jì)

1.1 膠州灣水質(zhì)預(yù)報(bào)模式簡(jiǎn)介

在挖掘和整理歷史觀測(cè)數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)上，利用現(xiàn)有的浮標(biāo)，海洋站資料，對(duì)膠州灣及鄰近海域進(jìn)行春季或夏季穩(wěn)定天氣條件下多參數(shù)的走航與連續(xù)觀測(cè)。具體的系統(tǒng)模型所劃分的模塊如圖1所示。

圖1 水質(zhì)預(yù)報(bào)模型

由圖1可知，區(qū)域大氣模式是整個(gè)系統(tǒng)的啟動(dòng)模塊，其分別為流域面源模式提供降水等，為黃海大區(qū)水動(dòng)力模式和膠州灣小區(qū)水動(dòng)力模式提高動(dòng)量和熱量強(qiáng)迫，為水質(zhì)模型提供海表光強(qiáng)；而流域面源模式是研究膠州灣流域?qū)车臓I(yíng)養(yǎng)物質(zhì)輸送通量等，他具體的作用是為膠州灣水動(dòng)力模型提供河流淡水輸入量，為水質(zhì)模型提供陸源營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)的通量；黃海大區(qū)水動(dòng)力模式是為膠州灣小區(qū)水動(dòng)力模式提供一個(gè)開(kāi)邊界，膠州灣小區(qū)水動(dòng)力模式為水質(zhì)模型提供了海流和擴(kuò)散系數(shù)等。經(jīng)過(guò)各個(gè)模塊的耦合，最終監(jiān)測(cè)的數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)水質(zhì)模塊的計(jì)算，并在水質(zhì)模塊部分輸出。

水質(zhì)模型的網(wǎng)格設(shè)置與水動(dòng)力模型小區(qū)一致。模型包括氮、磷、硅、溶解氧、COD、浮游植物、浮游動(dòng)物、水體碎屑等變量，考慮逕流、流域面源輸入、大氣沉降、沉積物－水界面物質(zhì)通量、與外海物質(zhì)交換等外部過(guò)程，以及浮游植物光合作用、呼吸代謝、浮游動(dòng)物攝食等內(nèi)部過(guò)程。具體直觀的水質(zhì)模式概念圖如圖2所示。

圖2 水質(zhì)模式概念

由圖2可以看到，水質(zhì)預(yù)報(bào)可以通過(guò)一級(jí)，二級(jí)，三級(jí)，四級(jí)物質(zhì)變化過(guò)程分別對(duì)氮、磷、硅、溶解氧、COD、浮游植物、浮游動(dòng)物、水體碎屑等等各個(gè)物質(zhì)進(jìn)行監(jiān)測(cè)衡量。

1.2 組通信和非阻塞通信

1.2.1 MPI簡(jiǎn)介

MPI全稱消息傳遞接口是 Message－Passing Interface的縮寫(xiě)。它由全球的政府，科研以及工業(yè)部門(mén)聯(lián)合建立的一種標(biāo)準(zhǔn)，提供了一個(gè)可移植、高效、靈活的消息傳遞接口庫(kù)。它是目前為止最為通用的一種并行編程方式，同時(shí)也是分布式并行系統(tǒng)中的一個(gè)主要編程環(huán)境。各大計(jì)算機(jī)廠商和科研部門(mén)定義了MPI標(biāo)準(zhǔn)中的一組函數(shù)接口，用于進(jìn)程間的消息傳遞。另外，除各個(gè)廠商提供的系統(tǒng)外，一些有能力的高校、科研部門(mén)也正在開(kāi)發(fā)一些免費(fèi)的通用的MPI系統(tǒng)。

頭文件、相應(yīng)的運(yùn)行調(diào)試環(huán)境和一組庫(kù)，構(gòu)成一個(gè)完整的MPI系統(tǒng)。其中MPI并行程序通過(guò)調(diào)用其自身庫(kù)中的函數(shù)完成消息的傳遞，并在編譯時(shí)與MPI庫(kù)相連接。而一個(gè)MPI并行程序的啟動(dòng)、退出、調(diào)試和跟蹤等方面的支持則由其系統(tǒng)提供的運(yùn)行環(huán)境所負(fù)責(zé)。MPI程序的框架結(jié)構(gòu)圖如圖3所示。

圖3 MPI程序的框架結(jié)構(gòu)

圖3中的第一部分是MPI函數(shù)庫(kù)的頭文件形式，F(xiàn)ortran語(yǔ)言中應(yīng)用mpif.h；第二部分定義整個(gè)程序中所用到的與MPI相關(guān)的變量；第三部分是有關(guān)MPI程序的初始化，使用的函數(shù)是MPI＿INTT （IERR）；第四部分是程序體的計(jì)算與通信，其中進(jìn)行通信的函數(shù)由MPI消息傳遞接口提供；第五部分問(wèn)MPI程序的結(jié)束，使用的函數(shù)是MPI＿FINALIZE （IERR）。

MPI既有一致性好、功能強(qiáng)大、效率高等多項(xiàng)優(yōu)點(diǎn)，而且在對(duì)于處理海洋環(huán)境模型的應(yīng)用更為普遍。文中是以MPICH2為測(cè)試環(huán)境，運(yùn)行于Linux服務(wù)器版操作系統(tǒng)的集群上，編譯環(huán)境為Intel Fortran 90編譯器。

1.2.2 組通信的基本思想及其特征

組通信調(diào)用的通信域即限定了該組通信是由哪些進(jìn)程參加以及該組通信的上下文，而該通信域是可以和點(diǎn)對(duì)點(diǎn)通信共用的，MPI可以保證由這兩者調(diào)用產(chǎn)生的消息不會(huì)發(fā)生相混淆。組通信實(shí)現(xiàn)的功能一般有3個(gè)即：通信，同步和計(jì)算。

其中，通信的主要功能是完成組內(nèi)數(shù)據(jù)的傳輸；同步功能則完成的是在組內(nèi)特定地點(diǎn)使所有進(jìn)程保持一致；計(jì)算功能相對(duì)比較復(fù)雜，主要是對(duì)一些特定的數(shù)據(jù)進(jìn)行處理。

1.2.3 非阻塞通信的基本思想及其特征

由于通信需要的時(shí)間較長(zhǎng)，在阻塞通信還沒(méi)有完成時(shí)，處理機(jī)就只有等待，這樣就造成了處理機(jī)計(jì)算資源的浪費(fèi)。而非阻塞通信可以使計(jì)算和通信重疊，通信操作不必執(zhí)行完就可以返回，而此時(shí)處理機(jī)可以同時(shí)進(jìn)行有關(guān)計(jì)算的操作，從而提高整個(gè)程序的執(zhí)行效率。

對(duì)于非阻塞通信，通信調(diào)用的返回并不意味著整個(gè)通信過(guò)程的完成，因此，還需要引入新的方法或語(yǔ)句用來(lái)檢查該消息是否已成功接收或發(fā)送。

1.3 并行程序算法

1.3.1 組通信在水質(zhì)預(yù)報(bào)模塊的實(shí)現(xiàn)

膠州灣水質(zhì)預(yù)報(bào)系統(tǒng)中的水質(zhì)部分的計(jì)算占整體系統(tǒng)部分的一半左右，所以，對(duì)這部分程序進(jìn)行并行的過(guò)程中，并行效率是有限的。

膠州灣水質(zhì)預(yù)報(bào)系統(tǒng)中采用的是C網(wǎng)格的形式，在三維坐標(biāo) （i，j，k）下，分別對(duì)水質(zhì)中的氮，磷，浮游動(dòng)物，浮游植物，硝酸鹽，亞硝酸鹽，銨鹽，磷酸鹽，硅酸鹽，碎屑，化學(xué)需氧量進(jìn)行物質(zhì)的監(jiān)測(cè)。在對(duì)水質(zhì)中物質(zhì)的擴(kuò)散分為水平擴(kuò)散和垂向兩種，其中，垂向擴(kuò)散的值的計(jì)算不需要數(shù)據(jù)的傳遞，但是，水平擴(kuò)散方向的計(jì)算需要相鄰網(wǎng)格點(diǎn)的計(jì)算結(jié)果，所以就涉及到MPI消息傳遞函數(shù)。

本系統(tǒng)組通信的設(shè)計(jì)思想是把網(wǎng)格點(diǎn)進(jìn)行劃分，即總網(wǎng)格數(shù)位i＊j＊k個(gè)，在對(duì)任務(wù)區(qū)域進(jìn)行劃分的時(shí)候有多種方法，可以3個(gè)方向i，j，k同時(shí)劃分，也可以部分進(jìn)行劃分，由于本系統(tǒng)采用的是Fortran語(yǔ)言，其數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)遵循列優(yōu)先存儲(chǔ)的，所以，對(duì)j方向上進(jìn)行劃分時(shí)在對(duì)各個(gè)進(jìn)程進(jìn)行數(shù)據(jù)傳遞時(shí)的傳遞量相對(duì)要少一些，這樣有利用減少消息傳遞時(shí)間。假設(shè)有p個(gè)CPU，則將網(wǎng)格區(qū)域劃分為p塊，前p－1個(gè)CPU執(zhí)行j／p個(gè)行整數(shù)網(wǎng)格點(diǎn)，第p個(gè)CPU執(zhí)行j－·（p－1）個(gè)網(wǎng)格點(diǎn)，由于進(jìn)程在計(jì)算臨界點(diǎn)的值時(shí)需要相鄰的進(jìn)程的數(shù)據(jù)值，因此，每個(gè)進(jìn)程的網(wǎng)格點(diǎn)數(shù)將多劃分2＊i＊j個(gè)，若將其劃分寫(xiě)成代碼的形式，如下：

其中，jbegin＿col和jend＿col代表每個(gè)進(jìn)程中j方向的起始值和結(jié)束值，myid表示進(jìn)程號(hào)，size表示整個(gè)系統(tǒng)中的進(jìn)程總數(shù)。jm指j的總網(wǎng)格數(shù)。

劃分完需要計(jì)算的網(wǎng)格區(qū)域后，就是對(duì)水質(zhì)中各個(gè)物質(zhì)計(jì)算的水平擴(kuò)散所需的數(shù)值進(jìn)行傳遞，在此，由于每個(gè)進(jìn)程之間所要傳遞的數(shù)據(jù)有氮，磷，浮游動(dòng)物，浮游植物，硝酸鹽，亞硝酸鹽，銨鹽，磷酸鹽，硅酸鹽，碎屑，化學(xué)需氧量，所以，每個(gè)量都在一個(gè)數(shù)組中，在此首先需要數(shù)據(jù)的打包，把每個(gè)進(jìn)程中需要傳遞的數(shù)據(jù)打包在一個(gè)緩沖區(qū)中，然后再通過(guò)組通信函數(shù)進(jìn)行傳播即可。打包函數(shù)如下所示：

其中，INBUF指準(zhǔn)備打在包中的輸入緩沖區(qū)，INCOUNT指輸入元素的個(gè)數(shù)，DATATYPE指數(shù)據(jù)類型，OUTBUF指打包緩沖區(qū)，OUTSIZE指用字節(jié)數(shù)定義的打包緩沖區(qū)的大小，POSITION指打包緩沖區(qū)的當(dāng)前位置，COMM指打包消息的通信子。把所有的數(shù)據(jù)打包完成后，就需要數(shù)據(jù)的傳遞，在此應(yīng)用到組通信函數(shù)中的廣播函數(shù)，即如下所示：

其中，BUFFER指緩沖區(qū)的首地址，COUNT指緩沖區(qū)中元素的個(gè)數(shù)，DATATYPE指緩沖區(qū)的數(shù)據(jù)類型，ROOT指以它為源進(jìn)行廣播的進(jìn)程編號(hào)，COMM指通信子。通過(guò)這個(gè)函數(shù)，就把每個(gè)進(jìn)程中需要其他進(jìn)程的數(shù)據(jù)通過(guò)消息傳遞得到。最后，還需要對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行進(jìn)一步的處理，就是拆包，拆包函數(shù)如下所示：

MPI＿UNPACK （INBUF，INSIZE，POSITION，OUTBUF，OUTCOUNT，DATATYPE，COMM，IERROR）

其中，INBUF指拆包緩沖區(qū)，INSIZE指用字節(jié)數(shù)定義的拆包緩沖區(qū)的大小，POSITION指打包緩沖區(qū)的當(dāng)前位置，OUTBUF指輸出數(shù)據(jù)緩沖區(qū)，OUTCOUNT指輸出數(shù)據(jù)緩沖區(qū)元素的個(gè)數(shù)，DATATYPE指數(shù)據(jù)類型，COMM指通信子。

通過(guò)以上方法，即可實(shí)現(xiàn)水質(zhì)預(yù)報(bào)系統(tǒng)的組通信數(shù)據(jù)傳遞的實(shí)現(xiàn)。

1.3.2 非阻塞通信在水質(zhì)預(yù)報(bào)模塊的實(shí)現(xiàn)

組通信在水質(zhì)預(yù)報(bào)模塊中的實(shí)現(xiàn)，雖然在通信上比點(diǎn)到點(diǎn)的通信盡量縮短了通信時(shí)間，但是沒(méi)有達(dá)到通信時(shí)間與計(jì)算時(shí)間的同步，而非阻塞通信可以實(shí)現(xiàn)以上目的，使得系統(tǒng)在運(yùn)行的過(guò)程當(dāng)中效率更高。由于水質(zhì)模塊代碼部分運(yùn)行時(shí)間占整個(gè)編程模塊的一半左右，所以，可以通過(guò)非阻塞通信的方式把需要傳遞的數(shù)據(jù)在水動(dòng)力計(jì)算的時(shí)候進(jìn)行傳遞，這樣，就可以使得通信基本不占用運(yùn)行時(shí)間。非阻塞的函數(shù)傳遞采用的函數(shù)如下所示：

MPI＿ISEND（BUF，COUNT，DATATYPE，DEST，TAG，COMM，REQUEST，IERROR）

MPI ＿IRECV （BUF， COUNT， DATATYPE，SOURCE，TAG，COMM，REQUEST，IERROR）

以上分別表示非阻塞數(shù)據(jù)的發(fā)送和接收，其中，BUF指所要發(fā)送或接收消息數(shù)據(jù)的首地址，COUNT指發(fā)送或接收消息數(shù)組元素的個(gè)數(shù)，DATATYPE指發(fā)送或接收消息的數(shù)據(jù)類型，DEST指發(fā)送消息的進(jìn)程標(biāo)號(hào)，SOURCE指接收消息的進(jìn)程編號(hào)，TAG指消息標(biāo)簽，COMM指通信子，REQUEST指請(qǐng)求句柄以備將來(lái)查詢。MPI＿ISEND和MPI＿IRECV不需要等待發(fā)送或接收消息完成就可執(zhí)行其余的任務(wù)，看發(fā)送或接收過(guò)程是否結(jié)束，通過(guò)以下函數(shù)即可：

其中COUNT指請(qǐng)求句柄的個(gè)數(shù)，ARRAY＿OF＿REQUESTS指請(qǐng)求句柄數(shù)組，INDEX指已經(jīng)完成通信操作的句柄指標(biāo)，STATUS指消息的狀態(tài)。

通過(guò)以上函數(shù)，將消息傳遞的任務(wù)放在水動(dòng)力模塊進(jìn)行，這樣，使得在計(jì)算水動(dòng)力的同時(shí)，又對(duì)水質(zhì)部分需要消息傳遞的函數(shù)進(jìn)行通信，達(dá)到了通信與計(jì)算的同步。

2 結(jié)果與討論

將系統(tǒng)進(jìn)行并行進(jìn)行運(yùn)行，如圖4所示分別為組通信，非阻塞通信，串行運(yùn)算結(jié)果在某一時(shí)刻的溶解氧的值的變化。結(jié)果顯示，無(wú)論是組通信還是非阻塞通信，都與串行運(yùn)算結(jié)果一致。因此，說(shuō)明無(wú)論是組通信還是非阻塞通信對(duì)于水質(zhì)預(yù)報(bào)系統(tǒng)的并行都是可行的。

圖4 溶解氧的某時(shí)刻輸出值

首先，對(duì)比此系統(tǒng)的串行程序在集群系統(tǒng)上面的運(yùn)行速度，改進(jìn)后的組通信傳遞的并行程序在集群系統(tǒng)上面的運(yùn)行速度，改進(jìn)后的非阻塞傳遞的并行程序在集群系統(tǒng)上面的運(yùn)行速度，繪制出如5圖所示。

圖5 運(yùn)行時(shí)間

圖5表示預(yù)報(bào)系統(tǒng)預(yù)報(bào)多少天以后的實(shí)驗(yàn)數(shù)值所需要花費(fèi)的時(shí)間。其中，串行程序在集群上是以1CPU的形式提交任務(wù)的，組通信的并行程序和非阻塞的并行程序都是2CPU并行的，即把計(jì)算任務(wù)劃分為兩部分。從圖中可以看到，并行的計(jì)算時(shí)間遠(yuǎn)遠(yuǎn)小于串行程序計(jì)算的時(shí)間，并且隨著預(yù)報(bào)時(shí)間的增長(zhǎng)持更明顯的趨勢(shì)。由于通訊時(shí)間和計(jì)算時(shí)間不能夠保持同步。所以，通過(guò)以上實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)可知，組通信的運(yùn)行時(shí)間比非阻塞通信稍微長(zhǎng)了一些。因此，在此水質(zhì)預(yù)報(bào)系統(tǒng)中，非阻塞通信的并行效果要稍好一些，但此結(jié)論僅僅只針對(duì)目前這種對(duì)系統(tǒng)的一部分代碼進(jìn)行并行的情況之下。

其次，對(duì)非阻塞通信下的劃分區(qū)域數(shù)不同對(duì)程序進(jìn)行性能測(cè)試，為了更能說(shuō)明并行劃分對(duì)系統(tǒng)的運(yùn)算的影響，此時(shí)，只測(cè)試系統(tǒng)在水質(zhì)部分的運(yùn)行時(shí)間，所繪制結(jié)果見(jiàn)表1。

表1中的性能測(cè)試結(jié)果表明，當(dāng)進(jìn)程數(shù)目不超過(guò)8個(gè)，非阻塞的并行效率基本在80%以上，當(dāng)進(jìn)程數(shù)不斷的增加，雖然并行程序仍然保持加速，但不再保持現(xiàn)行加速比，這與測(cè)試問(wèn)題的規(guī)模有關(guān)，導(dǎo)致這種現(xiàn)象的最大因素就在于劃分塊數(shù)的增加導(dǎo)致的消息傳遞所需要傳遞的數(shù)據(jù)量數(shù)也隨之增加，如果測(cè)試的數(shù)據(jù)計(jì)算量相當(dāng)大的話，并行效率還是會(huì)增加的。所以，在對(duì)程序進(jìn)行并行的過(guò)程中要進(jìn)行大量數(shù)據(jù)的測(cè)試后，才能得到程序運(yùn)行并行化的相對(duì)效率比較高的方法。

表1 性能測(cè)試結(jié)果

3 結(jié)束語(yǔ)

本研究取得預(yù)想的結(jié)果，效率達(dá)到了顯著提高。通過(guò)組通信與非阻塞通信在系統(tǒng)中的應(yīng)用的比較發(fā)現(xiàn)，非阻塞通信的消息傳遞方式對(duì)膠州灣水質(zhì)預(yù)報(bào)系統(tǒng)的部分模塊的并行有很大的效果。所以，任何系統(tǒng)的高效率化都需要與實(shí)際相結(jié)合，采取最適合的方法進(jìn)行。本研究的局限性是沒(méi)有考慮到I／O的問(wèn)題，如果考慮到I／O的問(wèn)題，則運(yùn)算效率將會(huì)有更可觀的提高，下一步研究將會(huì)考慮更加深入的把并行技術(shù)應(yīng)用到膠州灣水質(zhì)預(yù)報(bào)模式當(dāng)中。

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