基于16SrDNA序列的4株氣單胞菌屬細菌的分子鑒定
2012-12-31 00:00:00譚鳳霞
湖北農業(yè)科學 2012年9期
摘要：對分離自養(yǎng)殖水環(huán)境的４株氣單胞菌屬（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ）細菌的１６ Ｓ ｒＤＮＡ序列進行ＰＣＲ擴增并測定其核酸序列，通過ＢＬＡＳＴ軟件在ＧｅｎＢａｎｋ中查找同源序列，應用ＭｅｇＡｌｉｇｎ軟件中的Ｊｏｔｕｎ Ｈｅｉｎ、ＣｌｕｓｔａｌＶ以及ＣｌｕｓｔａｌＷ ３種方法進行序列差異和同源性分析，分別使用Ｍｅｇａ ４．０軟件中的鄰接法（Ｎ－Ｊ）、最小進化法（ＭＥ）、最大簡約法（ＭＰ）、非加權組平均法（ＵＰＧＭＡ）構建系統(tǒng)發(fā)育樹。由Ｊｏｔｕｎ Ｈｅｉｎ法可知，Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐ． Ｔ３與序列ＤＱ８１７５４２．１、ＤＱ８１７６４５．１以及ＨＭ１２７０６５．１相似度最高，均為９９．２％，Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐ． Ｔ４與序列ＤＱ８１６３６４．１、ＨＭ７７８４６．１以及ＨＭ７７８６１８．１相似度最高，均為９７．９％，Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐ． Ｔ５與序列ＧＱ２０５４４６．１相似度最高，均為９９．４％，Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐ． Ｔ６與序列ＧＱ２０５４４６．１相似度最高，為９９．６％；其他兩種方法的結果相似度略低。４種方法構建的系統(tǒng)發(fā)育樹基本一致，可初步確立４株菌株的分類地位：Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐ． Ｔ３與序列ＤＱ８１７５４２．１親緣關系最近，Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐ． Ｔ４與序列ＨＭ７７８６１８．１親緣關系最近，Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐ． Ｔ５與序列ＧＱ２３２７５９．１親緣關系最近，Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐ． Ｔ６與序列ＧＱ２０５４４６．１親緣關系最近。
關鍵詞：氣單胞菌（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ）；１６ Ｓ ｒＤＮＡ；分子鑒定
中圖分類號：Ｑ９３９．１；Ｓ９１７．１文獻標識碼：Ａ文章編號：0439－８114（２０12）09－1837-07
