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    植物啟動子研究進展

    2015-10-26 08:51:15李田孫景寬劉京濤
    生物技術(shù)通報 2015年2期
    關(guān)鍵詞:誘導型元件特異性

    李田 孫景寬 劉京濤

    (濱州學院 山東省黃河三角洲生態(tài)環(huán)境重點實驗室,濱州 256603)

    植物啟動子研究進展

    李田 孫景寬 劉京濤

    (濱州學院 山東省黃河三角洲生態(tài)環(huán)境重點實驗室,濱州 256603)

    植物啟動子在轉(zhuǎn)錄水平上發(fā)揮著重要的調(diào)控作用,對其功能進行研究不僅可以反映相應(yīng)基因的表達模式,還能為利用植物基因工程手段實現(xiàn)基因的高效特異性表達提供有效途徑。結(jié)合近年來的相關(guān)研究,綜述了植物啟動子的結(jié)構(gòu)特點及其功能研究進展,重點對與生物和非生物脅迫有關(guān)的各類誘導型啟動子進行了闡述,并展望了植物啟動子的未來研究方向。

    植物啟動子;誘導型啟動子;生物和非生物脅迫

    基因工程在實現(xiàn)重要作物遺傳性狀的改良中較傳統(tǒng)植物育種具有較大的優(yōu)勢。特別是通過基因工程手段可同時引入兩個或多個基因以此實現(xiàn)植物多種性狀的改良,縮短育種時間,因此自該技術(shù)誕生以來一直被廣泛應(yīng)用于植物研究領(lǐng)域?;蚬こ碳夹g(shù)作為改良植物性狀的有效途徑,其中加強對植物轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控研究一直是該研究領(lǐng)域的熱點之一。

    轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控在植物基因調(diào)控中發(fā)揮著重要作用,涉及多種順式作用元件和反式作用因子。啟動子(Promoter)是一類與啟動基因表達相關(guān)的順式作用元件,通過與特定的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合,控制基因轉(zhuǎn)錄的起始與表達?;虻谋磉_可受轉(zhuǎn)錄、翻譯等不同水平上的調(diào)控,因此,啟動子作為轉(zhuǎn)錄水平上重要的調(diào)控元件,在基因工程領(lǐng)域開發(fā)和利用高效特異的啟動子具有重要的研究意義和應(yīng)用價值。

    1 植物啟動子的結(jié)構(gòu)特征

    啟動子的結(jié)構(gòu)可影響它與RNA聚合酶II的識別、結(jié)合,從而影響基因表達的水平。研究表明,正是由于啟動子中包含的各種特征性元件保證了轉(zhuǎn)錄過程的有效進行。對于一個典型啟動子的結(jié)構(gòu)特征通常包括轉(zhuǎn)錄起始位點、TATA-box、 CAAT-box、GC-box,以及位于轉(zhuǎn)錄起始點較遠位置的增強子、沉默子等元件。

    植物中啟動子的轉(zhuǎn)錄起始位點通常位于-193--9 bp之間,其保守序列為CTCATCA,且前導序列富含A+T。研究發(fā)現(xiàn)水稻ZB8基因啟動子中轉(zhuǎn)錄起始位點的堿基改變會影響轉(zhuǎn)錄過程[1]。此外,高等植物的轉(zhuǎn)錄起始位點的帽子結(jié)構(gòu)對于轉(zhuǎn)錄起始也具有關(guān)鍵作用[2]。植物啟動子的核心元件TATA-box是絕大多數(shù)植物啟動子正確表達所必需的,位于轉(zhuǎn)錄起始點上游-30--25 bp處,主要控制轉(zhuǎn)錄的精確起始,不同基因的TATA-box不僅共有序列存在差異,而且所包含的數(shù)目也不相同。除了上述核心元件,植物啟動子中包含的一般上游元件對于啟動子的啟動活性也具有重要作用。CAAT-box和GC-box的作用主要是控制轉(zhuǎn)錄起始的頻率,但CAAT-box相比后者對轉(zhuǎn)錄起始頻率的影響更大。其中CAAT-box位于轉(zhuǎn)錄起始點上游約-100--80 bp處,除影響轉(zhuǎn)錄起始頻率外,該元件對兩個方向都有激活作用,且作用距離不定[3]。目前發(fā)現(xiàn)可與之結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子有CTFl、CTF2和CEBP等。對于少數(shù)無TATA-box的真核基因,其啟動子序列通常富含GC-box。GC-box位于-110--80 bp處,其核心序列為GCCACACCC或GGGCGGG,且一般為多拷貝,其功能的發(fā)揮不受序列方向的影響,目前發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)錄因子SPl與之結(jié)合后才能發(fā)揮作用。此外,在真核基因轉(zhuǎn)錄起始點的上游或下游,一般具有長度為100-200 bp的增強子序列,其核心組件10 bp左右,可增強轉(zhuǎn)錄的水平,如在35S啟動子-393 bp和-90 bp之間就發(fā)現(xiàn)了具有增強基因表達的增強子序列[4]。沉默子是一段可以降低或關(guān)閉基因轉(zhuǎn)錄的啟動子序列,其作用的發(fā)揮不受序列方向及距離遠近的影響,目前有關(guān)沉默子具體作用序列的研究還很少。

    2 組成型啟動子的研究

    組成型啟動子的基因表達不具組織和時間特異性,外界因素對組成型啟動子啟動的外源基因表達幾乎沒有影響。目前常用的CaMV35S、水稻肌動蛋白(ActinI)啟動子、玉米泛素(Ubiquitin)啟動子等均屬于這一類型。其中,CaMV35S啟動子最早在煙草花葉病毒中發(fā)現(xiàn),對它的研究已經(jīng)十分清楚,不僅指出其基本結(jié)構(gòu)包括TATA-BOX、CAATBOX、反向重復(fù)序列及增強子核心序列,還對啟動子不同區(qū)段的具體功能進行了詳細劃分[5]。目前為止,CaMV35S啟動子已成為植物表達載體構(gòu)建中最常用的啟動子之一,由于該啟動子在雙子葉植物中具有高效表達的特點,且能在所有細胞和任何時候進行轉(zhuǎn)錄,因此對于獲得大量的外源蛋白來說具有很大的優(yōu)勢,已被廣泛應(yīng)用于啟動外源基因的表達。除了這一最為常用的CaMV35S啟動子之外,從木爾坦棉花曲葉病毒(CLCuMV)中分離到CLCuMVC1基因啟動子,其活性是CaMV35S啟動子的3-5倍,且?guī)缀蹩稍谵D(zhuǎn)基因植株中的任何部位表達,因此是一類極具應(yīng)用潛能的組成型強啟動子[6]。

    但CaMV35S啟動子在單子葉植物中的啟動活性很低,因此人們又開發(fā)利用了適于單子葉植物高效表達的水稻ActinI啟動子和玉米Ubiquitin啟動子等,其中玉米中采用Ubiquitin啟動子啟動CAT基因的表達比采用35S啟動的基因表達效率高出10倍[7,8]。此外,Lu等[9]還從水稻中分離到新的rubi3啟動子,并對該啟動子及其5'-UTR的內(nèi)含子序列的啟動活性進行了研究,該啟動子使基因在各個組織中表達,且啟動活性高于玉米中發(fā)現(xiàn)的Ubi-1啟動子,因此是一類在單子葉植物中極具應(yīng)用價值的強效組成型啟動子。

    3 組織特異性啟動子的研究

    組織特異性啟動子除包含應(yīng)有的一般啟動子元件外,還具有增強子以及沉默子的特性,該類啟動子的優(yōu)點在于可啟動基因在植物組織特定部位的表達,避免外源基因的不必要表達,從而節(jié)約植物體的整體能量消耗。因此,通過采用不同的組織特異性啟動子可實現(xiàn)外源基因在植物不同器官與組織中的表達。

    目前已經(jīng)分離到許多可在植物營養(yǎng)器官中表達的啟動子。例如,可在火炬松維管組織中特異性表達的啟動子PAL,通過對特定區(qū)段的缺失突變發(fā)現(xiàn)PtaPAL啟動子區(qū)的-897 bp--420 bp可在次生木質(zhì)部中特異表達,并通過EMSA技術(shù)證明位于-897--674 bp的順式作用元件AC可與火炬樹中來源于木質(zhì)部的蛋白發(fā)生特異性結(jié)合[10]。此外,還發(fā)現(xiàn)了許多可以在植物維管組織中的韌皮部特異性表達的啟動子,如柑橘韌皮部蛋白基因(CsPP)啟動子、擬南芥韌皮部基因(AtPP2)啟動子、擬南芥蔗糖運輸基因(AtSUC2)啟動子[11]。Zhang等[12]通過將Athspr與GUS和GFP報告基因融合表明這一啟動子主要啟動基因在植物維管組織中的特異性表達,且通過與37個維管組織特異性表達啟動子進行比較發(fā)現(xiàn),這類啟動子中均包括植物激素應(yīng)答元件、光反應(yīng)元件、生物和非生物脅迫響應(yīng)元件以及組織特異性表達元件。此外,研究表明單子葉植物水稻中的Ca2+-ATPase啟動子全長具有維管組織表達特異性,其不同區(qū)段的缺失突變試驗表明,該啟動子還可對干旱、高鹽、病原菌等多種脅迫予以響應(yīng)[13]。

    此外,分離獲得有效的可在植物繁殖器官特異表達的啟動子對于以收獲果實和種子為主的作物來說具有重要意義,目前有關(guān)這類啟動子的研究也較為廣泛。從大豆中分離得到的在果實和花組織特異性表達的Msg啟動子主要啟動基因在植物的蜜腺、長角果保衛(wèi)細胞以及花柄部位表達,在成熟葉片中未見表達,進一步研究發(fā)現(xiàn)位于啟動子區(qū)約650 bp的TATA區(qū)與其組織特異性表達無關(guān),這一發(fā)現(xiàn)與之前認為組織特異性元件一般位于TATA框附近的研究結(jié)論存在差異[14]。單子葉植物中也存在大量組織特異性啟動子,如從大麥中分離到的Lem1啟動子,通過構(gòu)建該啟動子的GFP融合蛋白表達載體,表明該啟動子主要啟動基因在大麥的外稃和內(nèi)稃中表達,而在其他營養(yǎng)組織或大麥成熟期則不表達。缺失試驗表明,這種基因組織特異性表達是由距離轉(zhuǎn)錄起始位點80 bp內(nèi)的一個順式作用元件決定的。除此之外,啟動子上游還存在生長素、乙烯和赤霉素激素響應(yīng)元件[15]。近期發(fā)現(xiàn)的豇豆儲藏蛋白基因8SGα啟動子驅(qū)動下的GUS酶活活性是CaMV35s啟動子活性的2-4倍,且該啟動子具有種子表達特異性,因此可作為種子生物反應(yīng)器的高效特異啟動子來應(yīng)用[16]。

    4 誘導型啟動子的研究

    植物為更好的適應(yīng)自然環(huán)境,保持正常生長,還形成了某些特異的誘導型啟動子,這類啟動子正常生長條件下啟動活性很低甚至不啟動轉(zhuǎn)錄,但受到外界脅迫時,又可高效的啟動轉(zhuǎn)錄。

    目前發(fā)現(xiàn)的這類啟動子有很多。其中有關(guān)鹽誘導型啟動子方面,擬南芥中的rd29A是較早發(fā)現(xiàn)的一個可被鹽等非生物脅迫誘導的啟動子,將該啟動子與GFP融合表達,在高鹽和干旱脅迫條件下GFP蛋白較35S驅(qū)動下的表達要強[17]。CAM基因被認為與植物的耐鹽性相關(guān),為此人們在不同物種中對這一基因的啟動子區(qū)進行了研究,如Schaeffer等[18]克隆了鹽生植物冰花中CAM基因的啟動子序列,并對鹽脅迫下啟動子區(qū)的增強區(qū)和沉默區(qū)進行了研究。此外,從大豆中分離到GmCaM基因的啟動子序列,缺失突變試驗結(jié)果表明該啟動子的鹽脅迫響應(yīng)順式作用元件位于-858--728 bp處,在此基礎(chǔ)上,構(gòu)建不同缺失區(qū)段的GUS報告基因表達載體,通過轉(zhuǎn)基因煙草試驗表明在NaCl(150 mmol/L)和病原菌脅迫后GUS酶活約為35S啟動子驅(qū)動活性的4倍,EMSA試驗進一步證明啟動子區(qū)的A2(-1207--1128 bp)和 C1(-858--728 bp)可與鹽和病原脅迫后大豆中的核蛋白形成緊密復(fù)合物,從而發(fā)揮啟動功能[19]。甜菜堿醛脫氫酶(BADH)基因啟動子也是一類鹽誘導型啟動子,如從鹽生植物中亞濱藜(Atriplex centralasiatica)中分離到的BADH基因啟動子,以及從遼東櫟中克隆到的BADH啟動子均被證明是一類強效鹽誘導啟動子,轉(zhuǎn)基因試驗表明隨著鹽濃度的增加啟動子各區(qū)段的GUS染色也越深[20,21]。pib基因啟動子也被認為具有鹽誘導啟動活性,該類啟動子含有鹽誘導GAAAAA元件,將其與GUS基因相連后,轉(zhuǎn)基因植株的GUS酶活在鹽脅迫后增加[22]。堿蓬和莧菜CMO基因啟動子也可被鹽脅迫誘導,其中堿蓬CMO基因啟動子中的鹽誘導GAAAAA元件在增強植物耐鹽性中具有重要作用[23]。而在全長約1 600 bp的AmCMO啟動子中,發(fā)現(xiàn)其上游區(qū)段410 bp處的啟動子在鹽脅迫下GUS活性最強,因此認為AmCMO啟動子的鹽誘導活性主要與該區(qū)段中的鹽響應(yīng)順式作用元件有關(guān)[24]。

    在單子葉水稻中克隆到的鹽誘導啟動子有Rab16A啟動子和OsDREB1B啟動子。其中Rab16A啟動子只在鹽脅迫下才可被誘導表達,而OsDREB1B啟動子則可受鹽、ABA、PEG非生物脅迫及其他生物脅迫的誘導[25]。此外,在小麥和大麥中也發(fā)現(xiàn)了部分耐鹽啟動子,其中小麥中的Ttd1a啟動子可受NaCl和光誘導,該啟動子很可能通過CAAT元件與DNA結(jié)合蛋白相結(jié)合發(fā)揮作用[26],而來源于大麥HAV22基因的ABRC1啟動子則可顯著提高轉(zhuǎn)ABRC1-CBF1番茄的耐鹽性[27]。

    近期從白骨壤中克隆到AmMYB1基因的啟動子,通過轉(zhuǎn)基因植株GUS染色證明其啟動活性與鹽誘導相關(guān),序列分析發(fā)現(xiàn)該啟動子區(qū)不僅含有脅迫響應(yīng)順式元件ABRE,還具有一個包含AtRD22-Like順式作用元件的MYB識別位點(MRS)。上述啟動子序列分析表明,鹽脅迫過程中,AmMYB1轉(zhuǎn)錄因子可能通過與自身的順式作用元件結(jié)合發(fā)揮調(diào)控作用,也有可能通過植物自身的其他不同類型的MYB蛋白與MRS位點結(jié)合調(diào)控AmMYB1基因的表達。此外,該啟動子區(qū)還包含一個與AtRD22相似的MYC位點,其中MRS和MYC均可對外界脅迫刺激予以反應(yīng)[28]。結(jié)合有關(guān)AmMYB1轉(zhuǎn)基因功能驗證試驗,表明該基因在鹽脅迫條件下主要通過調(diào)控與光合作用有關(guān)的基因表達來增強耐鹽性[29]。

    表1 植物中的各類誘導型啟動子

    除上述鹽誘導型啟動子外,目前發(fā)現(xiàn)的其他各類誘導型啟動子具體見表1。這些轉(zhuǎn)錄因子分別在植物應(yīng)對不同環(huán)境條件(光、干旱、高溫、低溫和激素)等方面發(fā)揮著極其重要的作用。

    5 展望

    植物中存在多個水平的基因表達調(diào)控,其中轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控主要受順式作用元件和轉(zhuǎn)錄因子兩方面的協(xié)同調(diào)控。因此加強對高效啟動子的開發(fā)利用是目前基因工程領(lǐng)域興起的又一熱點[76]。目前人們得到的各類啟動子中,由于誘導型啟動子較組成型啟動子而言,其具有在特異環(huán)境條件下表達的獨特優(yōu)勢,因此在利用基因工程手段提高植物耐逆性中具有很大的應(yīng)用前景。此外,人們還通過不斷篩選新的具有重要應(yīng)用價值的誘導型啟動子以滿足某些基因的特異性表達,而且通過基因改造手段,對已獲得各類型啟動子進行改造與組合,構(gòu)建出兼有高效表達和特異性表達的復(fù)合啟動子,如通過將擬南芥組織特異型啟動子p85和脅迫誘導型啟動子p87聯(lián)合構(gòu)建的雙向啟動子可顯著增加轉(zhuǎn)基因擬南芥和煙草的組織表達特異性和鹽脅迫誘導特異性[77]。總之,加強對新型啟動子的克隆與研究不僅對了解基因的表達調(diào)控模式具有重要意義,而且對利用基因工程手段提高植物耐逆性同樣具有重要意義。且伴隨著各類啟動子克隆方法的發(fā)展,人們克隆得到的各類啟動子數(shù)目將會不斷增加。因此,進一步的研究在于深入分析啟動子中的重要作用元件的具體序列,以及明確與這些順式作用元件相作用的具體轉(zhuǎn)錄因子,從而為揭示植物耐逆等方面的調(diào)控機制以及提高外源基因的表達提供更有效的技術(shù)手段。

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    (責任編輯 狄艷紅)

    Research Advances on Plant Promoter

    Li Tian Sun Jingkuan Liu Jingtao
    (Shandong Provincial Key Laboratory of Eco-Environmental Science for Yellow River Delta,Binzhou University,Binzhou 256603)

    Plant promoters play important regulatory roles at the transcription level, to study their functions can not only reflect the expression patterns of corresponding genes, but also provide an effective way for the use of plant genetic engineering to achieve efficient expression of specific genes. In this paper, recent studies were reviewed about their structural characteristics and functions, the various types of inducible promoters related to biotic and abiotic stress were mainly introduced, and the future research directions for plant promoters were prospected.

    plant promoters;inducible promoters;biotic and abiotic stress

    10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2015.02.003

    2014-07-19

    國家自然科學基金項目(31400525),山東省自然科學基金項目(ZR2014CQ028),濱州學院博士基金項目(2014Y06),濱州學院科研基金項目(BZXYL1306)

    李田,女,博士,講師,研究方向:分子生物學;E-mail:912litian@163.com

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