肅南裕固族自治縣成立以前,現(xiàn)轄區(qū)稱走廊南山或祁連山區(qū),因其歷史悠久,地域遼闊,民族遷徙頻繁,故建制沿革較為復(fù)雜。
據(jù)史書記載,春秋戰(zhàn)國時(shí)期就有許多民族在河西地區(qū)活動(dòng),這里曾是烏孫、月氏游牧地,后為匈奴所據(jù)。公元前133年至公元前119年,漢武帝派遣張騫出使西域,先后擊敗了占據(jù)河西地區(qū)的匈奴王休屠和渾邪,于公元前111年設(shè)張掖郡,祁連山一帶正式歸入中原版圖。其后河西回鶻(裕固族先民)曾攻入甘州,隨后占據(jù)河西走廊西部立國,設(shè)牙帳于張掖,統(tǒng)治河西約一百四十余年。辛亥革命后,設(shè)甘涼道和安肅道,肅南地區(qū)大部分屬安肅道管轄,隸屬酒泉、高臺(tái)、臨澤、張掖民樂各縣。1949年新中國成立后,今肅南縣所屬的祁豐、明花、大河、康樂、馬蹄等區(qū)都以原有的各少數(shù)民族部落為基礎(chǔ),建立了區(qū)、鄉(xiāng)基層人民政權(quán),區(qū)、鄉(xiāng)行政領(lǐng)導(dǎo)人從各民族中的優(yōu)秀分子和部落頭目、宗教上層人士中選出。1952年《中華人民共和國民族區(qū)域自治實(shí)施綱要》頒布以后,黨和政府就開始在這一地區(qū)進(jìn)行民族自治地方機(jī)構(gòu)的籌建工作,并成立了中共肅南縣工作委員會(huì)(肅南,亦即在原肅州之南而得名)。1953年7月18日,召開了祁連山北麓各族各界人士代表會(huì),協(xié)商了關(guān)于成立自治區(qū)(縣級)的有關(guān)事宜,擬定了裕固族族名,決定在裕固族聚居的原高臺(tái)縣第六區(qū)、酒泉縣祁明區(qū)、張掖縣康樂區(qū)的基礎(chǔ)上成立裕固族自治區(qū)(縣級)。座談會(huì)期間,在民主協(xié)商的基礎(chǔ)上,選舉產(chǎn)生了包括各族各界人士在內(nèi)的人民代表100人,于1954年2月14日至20日在紅灣寺召開了首屆人民代表會(huì)議,正式通過成立肅南裕固族自治區(qū)人民政府(縣級),標(biāo)志著肅南裕固族自治縣正式成立。1957年,又將原屬民樂、張掖管轄的馬蹄區(qū)劃歸肅南縣管轄。1959年,又將肅南縣的陶萊東部、八字墩、友愛的草原劃歸青海省,將青海省的皇城灘草原移交肅南縣。上世紀(jì)70年代初,縣域區(qū)劃雖有過變動(dòng),但邊界一直固定下來基本沒有大變化。
肅南裕固族自治縣的成立,使歷史上長期分屬不同地區(qū)管轄的祁連山北麓各民族人民,第一次有了屬于自己的新政權(quán),具有劃時(shí)代的意義。